crta
Hrvatska znanstvena Sekcija img
bibliografija
3 gif
 Naslovna
 O projektu
 FAQ
 Kontakt
4 gif
Pregledavanje radova
Jednostavno pretraživanje
Napredno pretraživanje
Skupni podaci
Upis novih radova
Upute
Ispravci prijavljenih radova
Ostale bibliografije
Slični projekti
 Bibliografske baze podataka

Antonija Tomić
(326513)

 
 
 
Verzija za printanje   
 
  Izvorni znanstveni i pregledni radovi u CC časopisima
 

1. Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Kazazić, Saša; Tomić, Antonija; Abramić, Marija.
Aprotinin interacts with substrate-binding site of human dipeptidyl peptidase III. // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 37 (2019) , 14; 3596-3606 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

2. Tomić, Antonija; Horvat, Gordan; Ramek, Michael; Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Tomić, Sanja.
New zinc ion parameters suitable for classical MD simulations of zinc metallo-peptidases. // Journal of chemical information and modeling. 59 (2019) , 8; 3437-3453 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

3. Kazazić, Saša; Karačić, Zrinka; Sabljić, Igor; Agić, Dejan; Tomin, Marko; Abramić, Marija; Dadlez, Michal; Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Conservation of the conformational dynamics and ligand binding within M49 enzyme family. // RSC Advances. 8 (2018) , 24; 13310-13322 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

4. Tomin, Marko; Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, Sanja.
The Mechanism of Peptide Hydrolysis Catalysed by Dipeptidyl Peptidase III from Bacteroides thetaiotaomicron. // Croatica chemica acta. 91 (2018) , 2; 187-193 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

5. Gundić, Mario; Tomić, Antonija; Wade, Rebecca C.; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Kazazić, Saša; Tomić, Sanja.
Human DPP III – Keap1 Interactions : A Combined Experimental And Computational study. // Croatica chemica acta. 89 (2016) , 2; 217-228 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

6. Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, Sanja.
Concerted nitrogen inversion and hydrogen bonding to Glu451 are responsible for protein-controlled suppression of the reverse reaction in the human DPP III. // Physical Chemistry Chemical Physics. 18 (2016) , 39; 27245-27256 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

7. Tomić, Antonija; Berynskyy, Mykhaylo; Wade, Rebecca C.; Tomić, Sanja.
Molecular simulations reveal that the long range fluctuations of human DPP III change upon ligand binding. // Molecular biosystems. 11 (2015) ; 3068-3080 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

8. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Hunting the human DPP III active conformation : combined thermodynamic and QM/MM calculations. // Dalton transactions. 43 (2014) ; 15503-15514 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

9. Tomić, Antonija; Gonzalez, Miguel; Tomić, Sanja.
The large scale conformational change of the human DPP III – substrate prefers the "closed" form. // Journal of chemical information and modeling. 52 (2012) , 6; 1583-1594 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

10. Špoljarić, Jasminka; Tomić, Antonija; Vukelić, Bojana; Salopek-Sondi, Branka; Agić, Dejan; Tomić, Sanja; Abramić, Marija.
Human Dipeptidyl Peptidase III : the Role of Asn406 in Ligand Binding and Hydrolysis. // Croatica chemica acta. 84 (2011) , 2; 259-268 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

11. Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Špoljarić, Jasminka; Agić, Dejan; Smith, David M.; Tomić, Sanja.
Human Dipeptidyl Peptidase III: Insights into Ligand Binding from a Combined Experimental and Computational Approach. // Journal of molecular recognition. 24 (2011) , 5; 804-814 (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work

12. Tomić, Antonija; Živković, Tomislav.
On the vibrational interlacing rule in deuterated thiophenes : I. Out-of-plane vibrations. // Croatica chemica acta. 82 (2009) , 2; 561-566 (članak, znanstveni). URL link to work
Vrh
 
  Znanstveni radovi u drugim časopisima
 

1. Sabljić, Igor; Tomin, Marko; Matovina, Mihaela; Sučec, Iva; Tomašić Paić, Ana; Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Tomić, Sanja.
The first dipeptidyl peptidase III from a thermophile: Structural basis for thermal stability and reduced activity. // PLoS One. 13 (2018) , 2; (članak, znanstveni). URL link to workURL link to work
Vrh
 
  Ostali radovi u drugim časopisima
 

1. Grabar Branilović, Marina; Maršavelski, Aleksandra; Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Nobelova nagrada za kemiju za 2013. godinu. // Kemija u industriji : časopis kemičara i tehnologa Hrvatske. 62 (2013) , 11-12; 468-471 (osvrt, stručni). URL link to work
Vrh
 
  Kongresno priopćenje (sažeci) u CC časopisu
 

1. Tomić, Sanja; Kovačević, Borislav; Tomić, Antonija; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Matić, Sara; Abramić, Marija; Agić, Dejan.
Understanding h.DPP III mechanism – an aid in rationalization of the mutants (in)activity // European Biophysics Journal, Volume 46, Supplement 1.
Springer Berlin Heidelberg, 2017. S179-S179 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni). URL link to work

2. Tomić, Sanja; Tomić, Antonija.
Ligand binding to the flexible metaloenzymes: protein dynamics and the active enzyme conformation // European Biophysics Journal 2015, Volume 44, Supplement 1.
Springer Berlin Heidelberg, 2015. 243-243 (poster,međunarodna recenzija,sažetak). URL link to work
Vrh
 
  Objavljena pozvana predavanja na skupovima
 

1. Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, Šikić.
Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti, 2013. 149-157 (pozvano predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad). prilozen text rada
Vrh
 
  Drugi radovi u zbornicima skupova s recenzijom
 

1. Tomić, Sanja; Abramić, Marija; Brkić, Hrvoje; Tomić, Antonija.
Sprega kristalografije i modeliranja u proučavanju bioloških makromolekula // Kristalografija u Hrvatskoj / Popović Stanko (ur.).
Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti, 2013. 129-137 (predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad).
Vrh
 
  Sažeci u zbornicima skupova
 

1. Tomić, Antonija; Ramek, Michael; Tomić, Sanja.
Development of new parameters for the Zn2+ ion for the specific environment of the DPP III enzyme catalytic site // Computational Chemistry Day Book of abstracts.
Zagreb : University of Zagreb Faculty of Science, 2018. 15-15 (poster,sažetak,znanstveni).

2. Gilja, Vanja; Tomić, Antonija; Živković, Ivana; Katančić, Zvonimir; Peternel, Igor; Hrnjak- Murgić, Zlata.
Optimization of photocatalytic activity of waste fly ash/Tio2 composite in wastewater polluted by C.I. Reactive Red 45 // Abstracts of The 22th International Conference on Advanced Oxidation Technologies for Treatment of Water, Air and Soil / Hussain Al-Ekabi (ur.).
London, Ontario, 2016. (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

3. Kovačić, Marin; Salaeh, Subhan; Čović, Antonela; Tomić, Antonija; Juretić Perišić, Daria; Kušić, Hrvoje; Lončarić Božić, Ana.
RAZGRADNJA 17β-ESTRADIOLA U VODI PRIMJENOM KOMPOZITNOG TiO2-FeZ FOTOKATALIZATORA // Knjiga sažetaka XI. Susreta mladih kemijskih inženjera / Matijašić, Gordana (ur.).
Zagreb : Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa, 2016. 122-122 (poster,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

4. Perlog, Martina; Tomić, Antonija; Gilja, Vanja; Hrnjak-Murgić, Zlata; Kratofil Krehula, Ljerka; Katančić, Zvonimir.
Sinteza i karakterizacija lebdećih Pepeo/TiO2 nanokompozitnog fotokataloizatora // XI. skup mladih kemijskih inženjera : knjiga sažetaka / Matijašić, Gordana (ur.).
Zagreb, 2016. 36-36 (predavanje,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

5. Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gundić, Mario.
Influence of ligands and protein binding to structure and flexybility of human dipeptidyl peptidase III // Conference proceedings, ICBMB 2016.
2016. 9-9 (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni). URL link to work

6. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Molecular Mechanics - Poisson Boltzmann Surface Area calculations using AMBER program package - application to the human dipeptidyl petidase III // Computational Electrostatics for Biological Applications - Book of Abstract.
2013. 39-39 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

7. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Najnovija saznanja o koordinaciji cinka i o vezanju liganda u aktivno mjesto humane DPP III – implikacije na mehanizam kemijske reakcije // XXIII. hrvatski skup kemičara i kemijskih inženjera, knjiga sažetaka / Hadžiev, Andrea ; Blažeković, Zdenko (ur.).
Zagreb : HDKI/Kemija u industriji, 2013. 177-177 (poster,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

8. Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gonzalez, Miguel.
Molecular dynamics based studies on human DPP III revealed determinants for its broad substrate selectivity // .
(predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

9. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
QM/MM račun koordinacije cinka u aktivnom mjestu humane DPP III / QM/MM study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III // Knjiga sažetaka - IX. Susret mladih kemijskih inženjera / Martinez, Sanja (ur.).
Zagreb : Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa, 2012. 173-173 (poster,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

10. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Further study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III ­- ONIOM calculations // Book of abstracts, 11th Greta Pifat-Mrzljak International School of Biophysics, Biomolecular complexes and assemblies / Hozić A., Vuletić T. (ur.).
Zagreb : Institut Ruđer Bošković i Hrvatsko biofizičko društvo, 2012. 104-104 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni). URL link to work

11. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
MD simulations showed large conformational changes of the human free DPP III // Book of Abstracts - The Conference on Molecular Simulations in Biosystems and Material Science.
Konstanz, 2011. 72-72 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni). URL link to work

12. Tomić, Antonija; Špoljarić, Jasminka; Abramić, Marija; Tomić, Sanja.
Ligand binding to human DPP III and its mutant H568N - computational analyses // Abstracts of the 6th International Workshop on New Approaches in Drug Design & Discovery "The Interactions :From Atom-Atom Contacts to Networks in System Biology" / Klebe, Gerhard ; Matter, Hans ; Sotriffer, Hans (ur.).
Marburg : University of Marburg, 2010. 87-87 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

13. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Natural vs. synthetic peptides binding to human dipeptidyl-peptidases (DPP III), computational insight // Book of Abstracts of the "Australia-Croatia Workshop on Antimicrobial Peptides and Summer School in Biophysics PhD Programme: AMP 2010" / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split : Faculty of Science, University of Split, 2010. 49.-49. (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

14. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Human dipeptidyl-peptidases (h.DPP III), sampling the substrate binding site - computational analysis // Book of Abstracts of the "Fourth Humboldt Conference on Computational Chemistry" / Petrova, P. Galina ; Vayssilov, N. Georgie (ur.).
Sofia, 2010. 63.-63. (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

15. Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Smith, David; Tomić, Sanja.
Molecular dynamics simulations of ligands binding into the active site of human dipeptidyl-peptidases (DPPIII) // Book of Abstracts of the EMBO Young Scientists Forum.
53-53 (poster,sažetak,znanstveni). URL link to work

16. Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Smith, David; Tomić, Sanja.
Computational and experimental approach to the study of ligands binding into the active site of the human dipeptidyl-peptidases (DPPIII) // Book of Abstracts of the "The 3rd Adriatic Meeting On Computational Solutions in the Life Sciences" / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
Zagreb : Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. 77-77 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni). URL link to work

17. Horvat, Gordan; Magdić, Katja; Tomić, Antonija; Pitarević Svedružić, Lovorka; Rončević, Sanda.
Analiza sedimenta i vode Moslavačkog područja // Zbornik radova i sažetaka Znanstveno-edukativnog projekta Studentskog odsjeka HGD-a "Voda i mi. II." / Spevec, Siniša (ur.).
Zagreb : Hrvatsko geološko društvo, 2007. 15-16 (demonstracija,sažetak,znanstveni).
Vrh
 
  Disertacije
 

1. Tomić, Antonija.
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III / doktorska disertacija.
Zagreb : Prirodoslovno-matematički fakultet, 24.04. 2015., 224 str. Voditelj: Tomić, Sanja.
Vrh
 
upomoc
foot_4