Hrvatska znanstvena bibliografija (CROSBI)



Antonija Tomić
(326513)
Ponedjeljak 14. Listopad 2019

 
 
 
 
  Izvorni znanstveni i pregledni radovi u CC časopisima
 

1. Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Kazazić, Saša; Tomić, Antonija; Abramić, Marija.
Aprotinin interacts with substrate-binding site of human dipeptidyl peptidase III. // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 37 (2019) , 14; 3596-3606 (članak, znanstveni).

2. Tomić, Antonija; Horvat, Gordan; Ramek, Michael; Agić, Dejan; Brkić, Hrvoje; Tomić, Sanja.
New zinc ion parameters suitable for classical MD simulations of zinc metallo-peptidases. // Journal of chemical information and modeling. 59 (2019) , 8; 3437-3453 (članak, znanstveni).

3. Kazazić, Saša; Karačić, Zrinka; Sabljić, Igor; Agić, Dejan; Tomin, Marko; Abramić, Marija; Dadlez, Michal; Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Conservation of the conformational dynamics and ligand binding within M49 enzyme family. // RSC Advances. 8 (2018) , 24; 13310-13322 (članak, znanstveni).

4. Tomin, Marko; Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, Sanja.
The Mechanism of Peptide Hydrolysis Catalysed by Dipeptidyl Peptidase III from Bacteroides thetaiotaomicron. // Croatica chemica acta. 91 (2018) , 2; 187-193 (članak, znanstveni).

5. Gundić, Mario; Tomić, Antonija; Wade, Rebecca C.; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Kazazić, Saša; Tomić, Sanja.
Human DPP III – Keap1 Interactions : A Combined Experimental And Computational study. // Croatica chemica acta. 89 (2016) , 2; 217-228 (članak, znanstveni).

6. Tomić, Antonija; Kovačević, Borislav; Tomić, Sanja.
Concerted nitrogen inversion and hydrogen bonding to Glu451 are responsible for protein-controlled suppression of the reverse reaction in the human DPP III. // Physical Chemistry Chemical Physics. 18 (2016) , 39; 27245-27256 (članak, znanstveni).

7. Tomić, Antonija; Berynskyy, Mykhaylo; Wade, Rebecca C.; Tomić, Sanja.
Molecular simulations reveal that the long range fluctuations of human DPP III change upon ligand binding. // Molecular biosystems. 11 (2015) ; 3068-3080 (članak, znanstveni).

8. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Hunting the human DPP III active conformation : combined thermodynamic and QM/MM calculations. // Dalton transactions. 43 (2014) ; 15503-15514 (članak, znanstveni).

9. Tomić, Antonija; Gonzalez, Miguel; Tomić, Sanja.
The large scale conformational change of the human DPP III – substrate prefers the "closed" form. // Journal of chemical information and modeling. 52 (2012) , 6; 1583-1594 (članak, znanstveni).

10. Špoljarić, Jasminka; Tomić, Antonija; Vukelić, Bojana; Salopek-Sondi, Branka; Agić, Dejan; Tomić, Sanja; Abramić, Marija.
Human Dipeptidyl Peptidase III : the Role of Asn406 in Ligand Binding and Hydrolysis. // Croatica chemica acta. 84 (2011) , 2; 259-268 (članak, znanstveni).

11. Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Špoljarić, Jasminka; Agić, Dejan; Smith, David M.; Tomić, Sanja.
Human Dipeptidyl Peptidase III: Insights into Ligand Binding from a Combined Experimental and Computational Approach. // Journal of molecular recognition. 24 (2011) , 5; 804-814 (članak, znanstveni).

12. Tomić, Antonija; Živković, Tomislav.
On the vibrational interlacing rule in deuterated thiophenes : I. Out-of-plane vibrations. // Croatica chemica acta. 82 (2009) , 2; 561-566 (članak, znanstveni).
 
  Znanstveni radovi u drugim časopisima
 

1. Sabljić, Igor; Tomin, Marko; Matovina, Mihaela; Sučec, Iva; Tomašić Paić, Ana; Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Tomić, Sanja.
The first dipeptidyl peptidase III from a thermophile: Structural basis for thermal stability and reduced activity. // PLoS One. 13 (2018) , 2; (članak, znanstveni).
 
  Ostali radovi u drugim časopisima
 

1. Grabar Branilović, Marina; Maršavelski, Aleksandra; Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Nobelova nagrada za kemiju za 2013. godinu. // Kemija u industriji : časopis kemičara i tehnologa Hrvatske. 62 (2013) , 11-12; 468-471 (osvrt, stručni).
 
  Kongresno priopćenje (sažeci) u CC časopisu
 

1. Tomić, Sanja; Kovačević, Borislav; Tomić, Antonija; Matovina, Mihaela; Karačić, Zrinka; Matić, Sara; Abramić, Marija; Agić, Dejan.
Understanding h.DPP III mechanism – an aid in rationalization of the mutants (in)activity // European Biophysics Journal, Volume 46, Supplement 1.
Springer Berlin Heidelberg, 2017. S179-S179 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

2. Tomić, Sanja; Tomić, Antonija.
Ligand binding to the flexible metaloenzymes: protein dynamics and the active enzyme conformation // European Biophysics Journal 2015, Volume 44, Supplement 1.
Springer Berlin Heidelberg, 2015. 243-243 (poster,međunarodna recenzija,sažetak).
 
  Objavljena pozvana predavanja na skupovima
 

1. Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, Šikić.
Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti, 2013. 149-157 (pozvano predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad).
 
  Drugi radovi u zbornicima skupova s recenzijom
 

1. Tomić, Sanja; Abramić, Marija; Brkić, Hrvoje; Tomić, Antonija.
Sprega kristalografije i modeliranja u proučavanju bioloških makromolekula // Kristalografija u Hrvatskoj / Popović Stanko (ur.).
Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti, 2013. 129-137 (predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad).
 
  Sažeci u zbornicima skupova
 

1. Tomić, Antonija; Ramek, Michael; Tomić, Sanja.
Development of new parameters for the Zn2+ ion for the specific environment of the DPP III enzyme catalytic site // Computational Chemistry Day Book of abstracts.
Zagreb : University of Zagreb Faculty of Science, 2018. 15-15 (poster,sažetak,znanstveni).

2. Gilja, Vanja; Tomić, Antonija; Živković, Ivana; Katančić, Zvonimir; Peternel, Igor; Hrnjak- Murgić, Zlata.
Optimization of photocatalytic activity of waste fly ash/Tio2 composite in wastewater polluted by C.I. Reactive Red 45 // Abstracts of The 22th International Conference on Advanced Oxidation Technologies for Treatment of Water, Air and Soil / Hussain Al-Ekabi (ur.).
London, Ontario, 2016. (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

3. Kovačić, Marin; Salaeh, Subhan; Čović, Antonela; Tomić, Antonija; Juretić Perišić, Daria; Kušić, Hrvoje; Lončarić Božić, Ana.
RAZGRADNJA 17β-ESTRADIOLA U VODI PRIMJENOM KOMPOZITNOG TiO2-FeZ FOTOKATALIZATORA // Knjiga sažetaka XI. Susreta mladih kemijskih inženjera / Matijašić, Gordana (ur.).
Zagreb : Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa, 2016. 122-122 (poster,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

4. Perlog, Martina; Tomić, Antonija; Gilja, Vanja; Hrnjak-Murgić, Zlata; Kratofil Krehula, Ljerka; Katančić, Zvonimir.
Sinteza i karakterizacija lebdećih Pepeo/TiO2 nanokompozitnog fotokataloizatora // XI. skup mladih kemijskih inženjera : knjiga sažetaka / Matijašić, Gordana (ur.).
Zagreb, 2016. 36-36 (predavanje,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

5. Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gundić, Mario.
Influence of ligands and protein binding to structure and flexybility of human dipeptidyl peptidase III // Conference proceedings, ICBMB 2016.
2016. 9-9 (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

6. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Molecular Mechanics - Poisson Boltzmann Surface Area calculations using AMBER program package - application to the human dipeptidyl petidase III // Computational Electrostatics for Biological Applications - Book of Abstract.
2013. 39-39 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

7. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Najnovija saznanja o koordinaciji cinka i o vezanju liganda u aktivno mjesto humane DPP III – implikacije na mehanizam kemijske reakcije // XXIII. hrvatski skup kemičara i kemijskih inženjera, knjiga sažetaka / Hadžiev, Andrea ; Blažeković, Zdenko (ur.).
Zagreb : HDKI/Kemija u industriji, 2013. 177-177 (poster,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

8. Tomić, Sanja; Tomić, Antonija; Gonzalez, Miguel.
Molecular dynamics based studies on human DPP III revealed determinants for its broad substrate selectivity // .
(predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

9. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
QM/MM račun koordinacije cinka u aktivnom mjestu humane DPP III / QM/MM study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III // Knjiga sažetaka - IX. Susret mladih kemijskih inženjera / Martinez, Sanja (ur.).
Zagreb : Hrvatsko društvo kemijskih inženjera i tehnologa, 2012. 173-173 (poster,domaća recenzija,sažetak,znanstveni).

10. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Further study of the zinc coordination in the active site of the human DPP III ­- ONIOM calculations // Book of abstracts, 11th Greta Pifat-Mrzljak International School of Biophysics, Biomolecular complexes and assemblies / Hozić A., Vuletić T. (ur.).
Zagreb : Institut Ruđer Bošković i Hrvatsko biofizičko društvo, 2012. 104-104 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

11. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
MD simulations showed large conformational changes of the human free DPP III // Book of Abstracts - The Conference on Molecular Simulations in Biosystems and Material Science.
Konstanz, 2011. 72-72 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

12. Tomić, Antonija; Špoljarić, Jasminka; Abramić, Marija; Tomić, Sanja.
Ligand binding to human DPP III and its mutant H568N - computational analyses // Abstracts of the 6th International Workshop on New Approaches in Drug Design & Discovery "The Interactions :From Atom-Atom Contacts to Networks in System Biology" / Klebe, Gerhard ; Matter, Hans ; Sotriffer, Hans (ur.).
Marburg : University of Marburg, 2010. 87-87 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

13. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Natural vs. synthetic peptides binding to human dipeptidyl-peptidases (DPP III), computational insight // Book of Abstracts of the "Australia-Croatia Workshop on Antimicrobial Peptides and Summer School in Biophysics PhD Programme: AMP 2010" / Juretić, Davor ; Separovic, Frances (ur.).
Split : Faculty of Science, University of Split, 2010. 49.-49. (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

14. Tomić, Antonija; Tomić, Sanja.
Human dipeptidyl-peptidases (h.DPP III), sampling the substrate binding site - computational analysis // Book of Abstracts of the "Fourth Humboldt Conference on Computational Chemistry" / Petrova, P. Galina ; Vayssilov, N. Georgie (ur.).
Sofia, 2010. 63.-63. (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

15. Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Smith, David; Tomić, Sanja.
Molecular dynamics simulations of ligands binding into the active site of human dipeptidyl-peptidases (DPPIII) // Book of Abstracts of the EMBO Young Scientists Forum.
53-53 (poster,sažetak,znanstveni).

16. Tomić, Antonija; Abramić, Marija; Smith, David; Tomić, Sanja.
Computational and experimental approach to the study of ligands binding into the active site of the human dipeptidyl-peptidases (DPPIII) // Book of Abstracts of the "The 3rd Adriatic Meeting On Computational Solutions in the Life Sciences" / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
Zagreb : Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, Ruđer Bošković Institute, 2009. 77-77 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

17. Horvat, Gordan; Magdić, Katja; Tomić, Antonija; Pitarević Svedružić, Lovorka; Rončević, Sanda.
Analiza sedimenta i vode Moslavačkog područja // Zbornik radova i sažetaka Znanstveno-edukativnog projekta Studentskog odsjeka HGD-a "Voda i mi. II." / Spevec, Siniša (ur.).
Zagreb : Hrvatsko geološko društvo, 2007. 15-16 (demonstracija,sažetak,znanstveni).
 
  Disertacije
 

1. Tomić, Antonija.
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III / doktorska disertacija.
Zagreb : Prirodoslovno-matematički fakultet, 24.04. 2015., 224 str. Voditelj: Tomić, Sanja.