hrvatski

Metoda za predviđanje mjesta proteinskih reakcija

Cilj ovog diplomskog rada je bio razviti pouzdanu metodu predviđanja mjesta proteinskih interakcija na osnovi sekvence aminokiselinskih ostataka. Takvi sljedovi su raspoloživi u javno dostupnim bazama podataka za velik broj proteina. No, s druge strane je te podatke potrebno obraditi zbog velike redundancije podataka. Nakon dobivanja neredundantnog skupa podataka bilo je potrebno kreirati referentne podatke o mjestima interakcija, a to se postiglo korištenjem gotovog alata PSAIA koji se oslanja na podatke o strukturi proteina. Za predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristila se metoda nadziranog učenja SVM (eng. Support Vector Machines) tj. metoda potpornih vektora. Skup ulaznih vektora generiran je korištenjem pomičnog otvora zadane širine na nizu aminokiselinskih ostataka proteinskih lanaca. Rezultati klasifikacije opisani su u radu, a za samo vrednovanje rezultata korištena je metoda krosvalidacije.

Proteinske reakcije; niz aminokiselinskih ostataka; predviđanje mjesta proteinskih interakcija; proteinske baze podataka; RCSB PDB; program PSAIA; SVM algoritam učenja; SVM teoretska podloga; LIBSVM; krosvalidacija; točnost; preciznost; kodiranje aminokiselinskih ostataka; pomični otvor

nije evidentirano