hrvatski

Metoda za brzo pretraživanje DNA sekvence

Ovaj rad obrađuje poznati problem iz područja bioinformatike, pretraživanje kratkog uzorka u sekvenci DNA. Polazna točka u izradi rada bio je znanstveni rad koji rješava problem kodirajući i uzorak i sekvencu prostim brojevima, a poklapanje dobiva računajući konvoluciju brzom Fourierovom transformacijom. Zbog iznimno velikih uzoraka koji se pretražuju, implementacija je odrađena u modulo aritmetici, a za što bolje rezultate, kôd je prilagođen višedretvenom izvođenju. Budući da je zbog toga problem sveden na zbrajanje nula i jedinica, a pristupanje podacima odrađeno je koristeći naredbe na razini asemblera, krajnji rezultati pokazuju značajnu vremensku i memorijsku uštedu u odnosu na referentni algoritam.

DNA; pretraživanje uzorka; sekvenca; prosti brojevi; brza Fourierova transformacija

nije evidentirano