hrvatski

Sekvenciranje proteina koji se vežu na HIV p6

Svrha ovog istraživanja bila je pridonijeti naporima da se otkriju nove, učinkovite terapije u liječenju AIDS-a. HIV gag peptid 6 (p6) igra vrlo važnu ulogu u životnom ciklusu HIV-a te bi njegovo blokiranje mogla biti polazna točka za pokretanje nove terapije liječenja. Ovo istraživanje je ispitivalo mogućnost pronalaženja sekvence peptida koja pokazuje specifičnost vezanja za HIV gag p6. Kao glavna metoda analize koristilo se pretraživanje biblioteke cDNA izražene na površini bakteriofaga. Fagi sa sekvencom peptida koja pokazuje specifičnost za vezanje na p6 vežu p6 za vrijeme faze probira biblioteke rekombinantnih bakteriofaga. Postupak faze probira se provodio četiri puta. Kao kontrolne skupine poslužile su voda i glutation. Konačni rezultati nakon četiri kruga probira ispitivanja pokazali su specifičnost vezanja faga za p6 u odnosu na vodu, a u usporedbi sa glutationom specifičnost u korist vezanja za p6 nije bila dokazana. Rezultati u korist vezanja za p6 i glutation bili su u omjeru 50:50. Za pomoćnu tehniku u potvrđivanju rezultata faze probira koristili smo ELISA -u. Dobiveni rezultati nisu potvrdili specifičnost vezanja za p6. Za sedam plakova koji su pokazali najveću specifičnost za p6 je određen aminokiselinski slijed u komercijalnom servisu te je provedeno BLAST aminokiselinsko pretraživanje baze podataka. Rezultat BLAST pretraživanja genoma ispitivanog plaka je pol protein. Iako je snaga vezanja za p6 niska i dalje je obećavajuće područje za daljnja istraživanja i ono se ne bi trebao kao takvo isključiti. Za ovaj diplomski rad istraživanje je provedeno samo na C-terminalnom kraja p6. Drugi kraj sadrži nekoliko veznih mjesta i istraživanje na cijelom proteinu bi se moglo provoditi u budućim istraživanjima.

HIV; AIDS; sekvenciranje; p6; pretraživanje; BLAST; ELISA

nije evidentirano