Gornja granica u sastavljanju genoma (CROSBI ID 427496)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Požega, Luka
Šikić, Mile
Vaser, Robert
hrvatski
Gornja granica u sastavljanju genoma
U ovom radu je opisan alat za raˇcunanje gornje granice u sastavljanju genoma. U potpunosti je napisan u jeziku C++ i testiran na nekoliko skupova podataka. Alat ispisuje postotak pokrivenosti genoma ovisno o ulaznim podacima dobivenih sekvenciranjem. Takod¯er se kreira i datoteka u GFA format koja služi za sastavljanje grafa. U radu je korišteno nekoliko algoritama poput sweep line algoritma, pretraživanja u dubinu i Needleman–Wunsch algoritma. Testiran je na dva skupa podataka: genomu bakterije Escherichie coli i kvascu Saccharomyces cerevisiae. Glavnu primjenu ´ce na´ci u evaluiranju kvalitete podatak dobivenih sekvenciranjem, kao i kod evaluiranja drugih alata za sastavljanje genoma.
gornja granica, sastavljanje genoma, graf
nije evidentirano
engleski
Upper bound in genome assembly
nije evidentirano
upper bound, genome assembly, graph
nije evidentirano
Podaci o izdanju
22
03.07.2019.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb