De novo sastavljanje genoma vođeno referencom (CROSBI ID 427498)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Bakić, Sara
Šikić, Mile
Vaser, Robert
hrvatski
De novo sastavljanje genoma vođeno referencom
De novo sastavljanje genoma jedan je od najkompleksijih problema u bioinformatici. Brojni su problemi prilikom sastavljanja genoma, uzrokovani, kako biološkim specifičnostima, tako i greškama u procesu sekvenciranja. Probleme stvaraju takozvana ponavljajuća i kimerna očitanja. U ovom radu prikazano je kako detektiranje kimernih i ponavljajućih očitanja uz prikladna postupanja s njima pomaže ispravnom sastavljanju genoma. Prikazane su poteškoće na koje se nailazi prilikom sastavljanja genoma te kako uz postojeće alate minimap2 i Ra i ispravnu detekciju kimernih i ponavljajućih očitanja što bolje sastaviti genom te rezultati testiranja sastavljenosti genoma. Osim toga, pojašnjeni su i formati korištenih podataka te temeljne značajke korištenih alata.
kimerno, ponavljajuće regije, genom, minimap2, ra, FASTA, FASTQ, PAF, bioinformatika.
nije evidentirano
engleski
Reference-Guided de novo Genome Assembly
nije evidentirano
chimers, repeats, genome, minimap2, Ra, FASTA, FASTQ, PAF, Bioinformatics
nije evidentirano
Podaci o izdanju
36
03.07.2019.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb