hrvatski

Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA o čitanja

Jedan od glavnih problema kojima se bavi bioinformatika je poravnavanje bioloških sljedova. Ponekad je, kao kod poravnavanja RNA ocitanja, potrebno prepoznati duge procijepe brisanja što klasični algoritmi poravnavanja nisu u stanju učiniti. Kako bi se osiguralo da se takvi procijepi prepoznaju za kažnjavanje brisanja koristi se konkavna funkcija. Kako je izracunavanje konkavne funkcije relativno skup proces, ona se aproksimira s više afinih funkcija. Najpoznatiji algoritam koja otkriva procijepe je Gotohov algoritam. Vektorizacija je tehnologija koju podržava većina modernih procesora i omogućava da se na nekom većem skupu podataka neke operacije kao što je zbrajanje izvode istovremeno. Upravo zbog toga, vektorizacija može uvelike ubrzati postupak poravnavanja nizova. U sklopu ovog završnog rada razvijen je alat OSALG koji nudi implementaciju Gotohovog algoritma te vektorizacijsko poravnavanje nizova s prepoznavanjem dugačkih procijepa.

bioinformatika, RNA, RNK, vektorizacija, C++, poravnavanje, AVX2, SSE, Gotoh

nije evidentirano