Mapiranje kratkih očitanja (CROSBI ID 428084)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Pavlić, Stanislav
Šikić, Mile
Vaser, Robert
hrvatski
Mapiranje kratkih očitanja
Kratka ocitanja se ve ˇ cinom koriste u slu ´ caju kada imamo ve ˇ c poznati, referentni ´ genom neke vrste ili referencu, i želimo utvrditi razlike izmedu reference i pojedine ¯ jedinke koju sekvenciramo. U ovom radu razvijena je metoda mapiranja kratkih ocitanja ˇ na referencu koja je podijeljena na dvije faze. Prva faza sastoji se od indeksiranja kratkih podnizova na referenci i pronalaska kandidatnih pozicija pomocu zajedni ´ ckih podnizova ˇ na referenci i ocitanjima te algoritma za traženje najdulje zajedni ˇ cke podsekvence. U ˇ drugoj fazi koristi se KSW2 algoritam za odredivanje optimalnog poravnanja dva ¯ niza. Provedeno je ispitivanje rješenja na stvarnim podatcima koje je pokazalo da bi se uz odredena poboljšanja metoda mogla mjeriti s trenutno korištenim metodama. ¯ Implementacija je napisana u jeziku C/C++, a izvorni kod dostupan je na https: //github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18- 19/tree/spavlic.
bioinformatika, kratka ocitanja, mapiranje, predstavnik, poravnanje, ˇ KSW2
nije evidentirano
engleski
Short Reads Mapping
nije evidentirano
bioinformatics, short reads, mapping, minimizer, alignment, KSW2
nije evidentirano
Podaci o izdanju
34
03.07.2019.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb