hrvatski

Fizičko kartiranje jezgrinih gena za ribosomsku RNA (rRNA) i karakterizacija 5S rDNA i ITS sekvenci u vrste Abies alba Mill.

Ribosomski geni (18S-5.8S-26S rDNA i 5S rDNA) i njihove međugenske razmaknice (ITS i IGS) predstavljaju pogodne biljege za utvrđivanje filogenetskih odnosa između vrsta. U ovom radu istraživan je broj i položaj ribosomskih gena u kariotipu vrste Abies alba Mill. te slijed nukleotida unutarnjih transkribirajućih razmaknica (ITS) i 5S rDNA. Kariotip obične jele sastoji se od 24 meta- i submetacentrična kromosoma. Bojanjem s kromomicinom A3 (CMA) dobiveno je 10 CMA-pozitivnih signala smještenih interkalarno na 10 metacentričnih kromosoma. Nakon bojanja sa srebrom utvrđeno je najviše 10 jezgrica što se podudara s brojem CMA-pozitivnih signala. Osim toga, primjenom fluorescencijske hibridizacije in situ (FISH) utvrđeno je da se na tim mjestima nalaze geni za 18S-5.8S-26S rRNA. ITS1 i ITS2 razmaknice zajedno s 5.8S rRNA genom umnožene su pomoću lančane reakcije polimerazom (PCR). U vrste A. alba, kao i u većine četinjača PCR-om umnožena ITS1 razmaknica duža je u odnosu na ITS2. Duljina ITS1 razmaknice iznosi oko 1450 pb, dok je ITS2 zajedno s 5.8S rRNA genom duga oko 490 pb. Duljina PCR-om umnožene 5S rDNA iznosi oko 560 pb. U svrhu istraživanja filogenetskog odnosa vrste A. alba i drugih četinjača, slijedovi nukleotida ITS1 i ITS2 razmaknica, te 5S rDNA jele bit će uspoređivani s postojećim podacima za druge četinjače. Ribosomal genes (18S-5.8S-26S and 5S rDNA) and their intergenic spacers (ITS, IGS) present useful markers for identification of phylogenetic relationship among species. The number and position of rRNA genes in chromosomes as well as characterization of internal transcribed spacer (ITS) and 5S rDNA sequences were investigated in Abies alba Mill. Karyotype of this species consists of 24 meta- and submetacentric chromosomes. After staining with chromomycine A3 (CMA), ten CMA-positive signals were detected at intercalary position on five metacentric chromosome pairs. The maximum number of ten nucleoli revealed by silver staining was in correlation with the number of CMA-positive signals. In addition, fluorescent in situ hybridization (FISH) revealed ten 18S-5.8S-26S rRNA loci on ten metacentric chromosomes. ITS1 and ITS2 together with 5.8S rRNA gene were amplified by PCR. The length of amplified fragment is approximately 1450 bp for ITS1 and 490 bp for ITS2. The size of 5S rDNA fragment amplified by PCR is 560 bp. Amplified ITS1, ITS2 and 5S rDNA fragments should be sequenced and compared with known sequences in order to investigate phylogenetic relationships of A. alba and other conifer species.

ribosomski geni; ITS razmaknice

Rad je na engleskom j., kao poster prezentiran na skupu 2nd Scientific Symposium with International Participatio "45 Years of Molecular Biology in Croatia 50 Years of Double Helix", održanom od 20.-21.11.2003., Zagreb, Hrvatska ; objavljen u Knjizi sažetaka / Andreja Ambriović-Ristov, Anamarija Brozović (ur.) ; Zagreb : Farmaceutsko biokemijski fakultet, 2003. ; str. 26-26.