hrvatski

Konstrukcija baze podataka za modularne poliketide i neribosomske peptide

Poliketidi i neribosomski peptidi dvije su najveće skupine mikrobnih sekundarnih metabolita, od kojih mnogi imaju biološki aktivna svojstva. Njihov biosintetski put započinje uzastopnom kondenzacijom jednostavnih građevnih jedinica, te dovodi do izgradnje ugljikovih, tj. peptidnih, lanaca određenih dužina katalitičkim djelovanjem ponavljajućih ili modularnih poliketid sintaza (PKS) i sintaza neribosomskih polipeptida (NRPS). Do sada je kloniran i sekvenciran vrlo velik broj modularnih PKS, NRPS i miješanih modularnih PKS-NRPS sustava. Sekvenciranje svih tih genskih nakupina ukazuje na mogućnost modeliranja procesa rekombinacije između modularnih sintaza pomoću računalnog programa. U konačnici, taj računalni program pruža mogućnost predviđanja kemijskih struktura novonastalih supstancija. Za potrebe tog programa, u ovom je diplomskom radu izrađena baza podataka poznatih poliketida i neribosomskih peptida. Biološki su podaci pohranjeni u relacijskoj bazi podataka MySQL, za čije je upravljanje upotrijebljen računalni jezik SQL. Bazu podataka podržava operacijski sustav Linux. Relacijska baza bioloških podataka sadržava: sekvencije DNA i proteina genskih nakupina, gena, modula i domena ; kemijske strukture konačnih produkata ; metaboličke putove biosinteze i pripadajuću znanstvenu literaturu.

Računalni operativni sustav Linux; baza podataka MySQL; računalni jezik SQL; neribosomski peptidi; poliketidi

nije evidentirano