Razvoj računalnih programa za automatsko pronalaženje novih sekvencija sintetaza poliketida i neribosomskih peptida (CROSBI ID 340953)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Zavišek, Karolina
Hranueli, Daslav
hrvatski
Razvoj računalnih programa za automatsko pronalaženje novih sekvencija sintetaza poliketida i neribosomskih peptida
Projekti sekvenciranja bakterijskih DNA (tj. genoma bakterija) ukazuju na prisustvo velikog broja genskih nakupina što sadržavaju genetičku uputu za biosintezu modularnih poliketida (PKS) i neribosimskih peptida (NRPS). Njihove funkcionalnosti i krajnji proizvodi većinom nisu poznati. Zbog toga su izrađena četiri računalna programa koji automatski pretražuju Europsku bazu podataka sekvencija DNA, EMBL. Ti programi prepoznaju nove potencijalne genske nakupine i popunjavaju bazu podataka VCL. U te je programe uklopljen računalni program BLAST. Taj program redovito pretražuje bazu podataka EMBL, i prepoznaje genske nakupine koje su nedavno dodane u bazu podataka. Nove se sekvencije DNA vizualno pretražuju da li sadržavaju potencijalne module PKS i NRPS. Na taj je način dokazano da su prisutni svi PKS ili NRPS geni. Izrađeni programski paket dakle pruža mogućnost brzog popunjavanja baze podataka VCL sa sekvencijama DNA genskih nakupina koje prethodno nisu detaljno opisane.
Baze podataka EMBL i VCL; računalni jezici PERL i BioPerl; poliketidi; neribosomski peptidi
nije evidentirano
engleski
Development of computer programs to automatically find new polyketide synthase and non-ribosomal peptide synthase sequences
nije evidentirano
EMBL and VCL databases; computer programs PERL and BioPerl; polyketides; non-ribosomal peptides
nije evidentirano
Podaci o izdanju
50
11.03.2005.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zagreb
