hrvatski

Predviđanje funkcija domena poliketid sintetaza primjenom skrivenih Markovljevih modela

Poliketidi su jedna od najčešće upotrebljavanih vrsta spojeva za dobivanje novih, biološki aktivnih supstancija. Razlog tome je način njihove biosinteze, koja se odvija u stupnjevima, pri čemu se u svakom stupnju poliketidni lanac produži za dva ugljikova atoma. Za dobivanje novih spojeva najčešće se upotrebljava postupak kombinatorne biosinteze, dodavanjem, uklanjanjem ili zamjenom domena ili modula poliketidnih sintetaza. Tim postupkom su dobiveni novi poliketidni spojevi, ali je njihov prinos u pravilu nizak. Kako taj problem nije razriješen, razvijen je novi postupak za dobivanje novih poliketida – mjesno-specifična mutageneza. Zamjenom pojedinih aminokiselina AT domena uspjela se promijeniti njihova specifičnost za supstrat. Matematički model, testiran u ovom radu, traži unutar višestrukog poravnanja domena stupce koji bi mogli imati važnu ulogu u određivanju funkcije domene. Zamjenom aminokiselina na tim pozicijama mogla bi se promijeniti funkcija domene.

Analiza sekvencija; evolucija aminokiselina unutar domena; predviđanje funkcija domena; skriveni Markovljev model

nije evidentirano