hrvatski

Razvoj računalnih programa za automatsko pronalaženje modula i domena neribosomalnih peptid sintetaza

Neribosomsomalno sintetizirani peptidi su sekundarni mikrobni metaboliti, koji predstavljaju veliku i raznovrsnu skupinu biološki aktivnih prirodnih spojeva. Njihov biosintetski put započinje uzastopnom kondenzacijom jednostavnih građevnih jedinica (aminokiselina), te dovodi do izgradnje peptidnih lanaca određenih dužina katalitičkim djelovanjem sintetaza neribosomsomalnih peptida (NRPS). Znanstvenici su do sada klonirali i sekvencirali vrlo velik broj NRPS-a, no njihove funkcionalnosti i krajnji proizvodi većinom nisu poznati. Sekvenciranje svih tih genskih nakupina ukazuje na mogućnost modeliranja procesa rekombinacije između modularnih sintetaza u uvjetima in silico. To bi pružilo mogućnost predviđanja kemijskih struktura novonastalih supstancija. U ovom je diplomskom radu, za potrebe tog projekta, izrađen novi računalni program "AutoNRPS", kojem je svrha analiza i detaljno opisivanje nedovoljno opisanih NRPS sustava. računalni program "AutoNRPS" popunjava bazu podataka VCL sekvencijama DNA i proteina modula i domena iz prethodno nedovoljno detaljno opisanih NRPS sustava.

Baze podataka EMBL i VCL; računalni jezik PERL i projekt BioPerl; neribosomsomalni peptidi; moduli i domene

nije evidentirano