hrvatski

Razvojno-specifične elektroforetske slike proteina i glikoproteina kalusnih linija šećerne repe (Beta vulgaris L.)

Analizirano je šest staničnih linija šećerne repe (Beta vulgaris L.) u kulturi in vitro. Normalni kalus raste na hranidbenoj podlozi s hormonima, prilagođeni kalusi (HO i HNO) neovisni su o vanjskim regulatorima rasta, kao i tumorske linije. Crveni (Tc) i bijeli tumor (Tb)pripadaju istoj liniji koja proizvodi betanin, ovisno o uzgoju na svjetlosti odnosno tami. Linije su uspoređivane na temelju ekspresije staničnih proteina, odnosno staničnih i izvanstaničnih glikoproteina. Cilj rada bio je prikazati karakteristične proteinske i glikoproteinske vrpce specifične za određeni stadij razvoja stanične linije, usprediti ekspresiju gena u fenotipski različitim linijama, odnosno klasificirati uzorke metodama strojnog učenja te utvrditi pravila odlučivanja klasifikatora. Proteini su razdvojeni 1D-elektroforezom u 12%-tnim poliakrilamdinim gelovima te su obojani srebrom. Utvrđeno je da gelovi s kontinuiranim pH (8.8) daju jednako dobra razdvbajanja kao i gelovi s diskontinuiranim pH (6.8 i 8.8). Glikoproteini su nakon prijenosa na membranu istraživani pomoću pet lektina (Con A ; DSA, GNA, MAA i SNA). U primjeni metoda strojnog učenja na ukupno 23 uzorka (6 klasa) potvrđen je snažan utjecaj sistemskih grešaka na izgled gela, no i uz njega moguć ej računalno prepoznati vrstu tkiva iz obrasca na gelu. Pravila dobivena iz C4.5 kalsifikatora ukazuju na vrpce kakrakterisitčne za svaku staničnu liniju.

Beta vulgaris; diferencijacija; prilagođavanje; SDS-PAGE; glikoproteini; strojno učenje; C4.5 stabla odlučivanja

nije evidentirano