hrvatski

Analiza gena PKS u genomu amebe Dictyostelium discoideum

Ameboidna protozoa Dictyostelium discoideum je važan modelni organizam za istraživanje razvoja stanica i evolucije. Nedavno završeno sekvenciranje genoma amebe D. discoideum (6 kromosoma - 34 Mb) pokazalo je oko 12.500 gena, među kojima je više od 40 gena s genetičkom uputom za poliketidsintaze (PKS). Do sada nije poznat niti jedan drugi organizam s toliko mnogo gena PKS. Zbog toga je, u ovom diplomskom radu, bioinformatičkim pristupom započeta analiza gena PKS. Od 45 prepoznatih gena PKS, 29 se nalazi unutar 12 potencijalnih genskih nakupina, od po 2-5 gena, koje možda odgovaraju biosintetskim putovima za različite prirodne produkte. Šesnaest je gena PKS pojedinačno. Svi su geni po strukturi slični genima PKS ponavljajućeg tipa I, osim što sadržavaju dva dodatna sačuvana područja aminokiselina (450-1500 i 300-600 aminokiselina) nepoznatih funkcija koje ne pokazuju sličnost ni s jednim poznatim proteinom. Nije prepoznata niti jedna domena odgovorna za početak sinteze poliketida, što upućuje na mogući novi mehanizam početka sinteze. Nije prepoznat niti jedan gen PKS tipa II. Provedena je detaljna analiza dvaju sačuvanih područja aminokiselina nepoznatih funkcija i njihova anotacija. Utvrđeno je da one sadržavaju domene metiltransferaze i dehidrataze. Dakle, opsežna je anotacija svih gena PKS pokazala da se oni sastoje od tipičnih domena: β -ketoacilsintaze, aciltransferaze, dehidrataze, metiltransferaze, alkenreduktaze, ketoreduktaze i maloga polipeptida nosača acila, očekivanih u svim genima PKS. Pored toga, provedena je analiza domena s aciltransferaznom aktivnošću i filogenetska analiza evolucije gena PKS u genomu amebe D. discoideum.

anotacija gena PKS; Dictyostelium discoideum; poliketidi; sekvencija genoma

nije evidentirano