hrvatski

Molekularna identifikacija Diaporthe/Phomopsis vrsta na sjemenu soje

Testiranje i praćenje patogena sastavni je dio kontrole sjemena. U Europi se sjeme soje analizira na infekciju sa Diaporthe/Phaseolorum, bez posebno naznačene pojave Phomopsis longicolla, D. phaseolorum var. caulivora i D. phaseolorum var. sojae. Variranje i preklapanje karakteristika u kulturi među njima čini morfološku identifikaciju otežanom i zahtijeva dosta vremena. Obzirom da ovi patogeni uzrokuju različite ekonomske štete u poljima soje, bilo je potrebno razviti molekularnu metodu temeljenu na PCR-RFLP-u, kako bi identficirali svakog pojedinog patogena iz kompleksa Diaporthe/Phomopsis. Sjeme soje površinski je sterilizirano te postavljeno u Petrijeve zdjelice sa krumpir-dekstroznim agarom. Nakon 3-4 dana na sobnoj temperaturi, micelij izolata je sastrugan i iz njega je brzom metodom obavljena ekstrakcija DNA, amplificirana pomoću univerzalnih početnica ITS4 i ITS5, a produkti amplifikacije digestirani pomoću AluI, RseI, HhaI i MseI restrikcijskih enzima. Dijelovi bandova dobiveni za svaki od enzima dozvoljavaju identifikaciju svih izolata obzirom da svaki od njih odgovara pojedinoj vrsti. Gotovo 900 izolata sa uzorka sjemena iz Italije, SAD, Argentine i Hrvatske identificirano je u posljednjih pet godina sa 100%-tnom sigurnošću kao P. longicolla, D. phaseolorum var. caulivora, D. phaseolorum var. sojae i D. phaseolorum var. meridionalis. Kao dio procjene ovog načina identifikacije, obavljena je i klasična metoda detekcije i identifikacije te su rezultati analiza upoređeni.

molekularna identifikacija; PCR-RFLP; sjeme; soja

nije evidentirano