hrvatski

Razvoj računalnih programa za automatsko pronalaženje modula i domena poliketid sintetaza

Jedna od najvećih skupina sekundarnih mikrobnih metabolita su poliketidi, od kojih su mnogi biološki vrlo aktivni spojevi. Biosintetski im put započinje uzastopnom kondenzacijom jednostavnih građevnih jedinica, što dovodi do izgradnje ugljikovih lanaca određenih dužina katalitičkim djelovanjem ponavljajućih ili modularnih poliketid sintetaza (PKS). Vrlo veliki broj genskih nakupina modularnih PKS sustava je do sada kloniran i sekvenciran, no njihove funkcionalnosti i krajnji proizvodi većinom nisu poznati. Sekvenciranje svih tih genskih nakupina ukazuje na mogućnost modeliranja procesa rekombinacije između modularnih sintetaza pomoću računalnog programa. Takav bi računalni program pružao mogućnost predviđanja kemijskih struktura novonastalih supstancija. U ovom radu za potrebe tog programa izrađen je novi računalni program, kojem je svrha analiza i opisivanje nedovoljno poznatih PKS sustava. Izrađeni računalni program popunjava bazu podataka VCL sekvencijama DNA i proteina modula i domena iz prethodno nedovoljno detaljno opisanih PKS sustava.

baze podataka EMBL i VCL; PERL i BioPerl; složeni poliketidi; moduli i domene

27/05