hrvatski

Interakcije receptora i liganda pod lupom spektroskopije NMR

Spektroskopija NMR danas je metoda odabira za izučavanje interakcija biomolekula s potencijalim ligandima, što predstavlja jedan od glavnih preduvjeta za dizajn lijekova na racionalnim osnovama. Najvažniji doprinos spektroskopije NMR dizajnu lijekova do prije nekoliko godina bilo je rješavanje 3D strukture proteina. Uz to što nam spektroskopija NMR daje podatke o 3D strukturi slobodnih proteina kao sirove podatke za račune molekulskog modeliranja vezanja liganada, NMR nam direktno može dati važne eksperimentalne informacije o samim biološki važnim kompleksima. Za razliku od rendgenske strukturne analize spektroskopijom NMR može se proučavati dinamika kako samih velikih biomolekula, tako i dinamika kompleksa biomolekula i potencijalnih liganda. Tako je moguće proučavanjen promjena u NMR parametrima prilikom vezanja kvalitativno (npr. „ SAR by NMR“ ) i kvantitativno (promjene kemijskih pomaka i vremena relaksacije, difuzijski NMR eksperimenti itd.) odrediti sklonosti vezanja liganada. Također je moguće i uporabom metoda kao što su npr. tr-NOESY, STD, WaterLOGSY i dr. odrediti i mjesto vezanja, odn. dobiti informacije o konformaciji proteina, liganda ili njihovog kompleksa, te epitope, tj. skupine na ligandu koje su u neposrednoj blizini mjesta vezanja. U posljednje vrijeme razvijen je veliki broj NMR tehnika za izučavanje interakcija ligand-receptor, no u ovome radu opisane su samo neke od njih, te su pokazane njihove prednosti i nedostaci.

nuklearna magnetna rezonancija; receptor; ligand; kompleks receptor-ligand; NMR parametri; struktura; sklonost vezanju; aktivno mjesto; konstanta disocijacije; difuzija; NOE; epitopi

nije evidentirano