hrvatski

Poboljšanje modela za predviđanje kristalizacije proteina

Više od 80% 3D struktura proteina u proteinskoj banci podataka određno raspršenjem X-zraka na kristalima. Mež utim, za samo 42% topljivih proteina uspijevaju se pronaći uvjeti kristalizacije, a eksperimentalni postupci kojima se provjerava kristalizira li neki protein, dugotrajni su i skupi. Modeli u literaturi temelje se na broju i rasporedu pojedina£ nih aminokiselinskih ostataka. Pri tome u modele ulazi više od 40 parametara [1, 2], a konačni su modeli nelinarni. Mi smo, pored statistički najznačajnih parametara korištenih ranije [1, 2], računali i uveli nove parametre (autokorelacijske funkcije) koji uključuju fizikalnokemijska svojstva (npr. hidrofobnost, naboj) i raspored aminokiselinskih ostataka u proteinu. Algoritmom za izbor najznačajnijih parametara (u statističkom i fizikalnom smislu), dobili smo jednostavnije modele jednake ili bolje točnosti od postojećih najboljih koji postižu točnost razlikovanja proteina koji kristalizira od proteina koji ne kristalizira od oko 75%. [1] Chen, K., Kurgan, L., Rahbari, M., Biochem. Biophys. Res. Commun. 355 (2007) 764 [2] Smilowski, P., Schmidt, T., Cox, J., Kirschner, A., Frishman, D., Proteins, 62 (2006) 343

kristalizacija proteina ; strukturni parametri ; frekvencije aminokiselinskih ostataka ; frekvencije parova aminokiselinskih ostataka ; izbor najznačajnijih parametara ; provjera kvalitete modela

nije evidentirano