Otkriće i dizajn novih lijekova pomoću računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen (CROSBI ID 543682)
Prilog sa skupa u zborniku | sažetak izlaganja sa skupa
Podaci o odgovornosti
Starčević, Antonio ; Žučko, Jurica ; Diminić, Janko ; Long, Paul F. ; Cullum, John ; Hranueli, Daslav
hrvatski
Otkriće i dizajn novih lijekova pomoću računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen
Poliketidi su važna skupina prirodnih spojeva koji se upotrebljavaju u farmaceutskoj industriji. U javnim bazama podataka danas postoji veliki broj sekvenciranih poliketidnih (PKS) genskih nakupina nepoznatih produkata i njihov broj raste eksponencijalno sa svakim novo sekvenciranim genomom aktinomiceta. Mi smo razvili programski paket ClustScan za analizu sekvencija DNA i anotaciju modularnih PKS genskih nakupina. Budući da se predviđanja temelje na prepoznavanju bitnih aminokiselina, a ne na sličnosti sekvencija, program uspješno predviđa potpuno nove genske nakupine. ClustScan ispisuje predviđene kemijske strukture u obliku izomeričkih zapisa SMILES (engl. "Simplified Molecular Input Line Entry System") i dopušta daljnje analize kemijskim računalnim programima. Razvili smo i programski paket CompGen koji generira potencijalne rekombinante između PKS genskih nakupina. Pohranjene su u posebnoj bazi podataka koja povezuje sekvencije DNA s biosintetskim redoslijedom i tako omogućava predviđanje kemijskih struktura novih spojeva. CompGen pokazuje da je malen broj mjesta za homolognu rekombinaciju između PKS genskih nakupina i zbog toga generira odabranu skupinu kemijskih spojeva koja imitira one u prirodi. ClustScan i CompGen omogućuju potragu za genskim nakupina što sadržavaju genetičku uputu za nove kemijske spojeve u genomima i metagenomima koji bi mogli postati lijekovima budućnosti. Funkcionalnost će programa biti ilustrirana prikladnim primjerima.
poliketidi; aktinobakterije; genske nakupine; genomi; metagenomi
nije evidentirano
engleski
ClustScan and CompGen for in silico drug design and discovery
nije evidentirano
polyketides; Actinobacteria; gene-clusters; genomes; metagenomes
nije evidentirano
Podaci o prilogu
13-13.
2008.
objavljeno
Podaci o matičnoj publikaciji
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj : Zbornik sažetaka
Zahradka, Ksenija ; Plohl, Miroslav ; Ambriović-Ristov, Andreja
Zagreb: Institut Ruđer Bošković
978-953-6690-78-7
Podaci o skupu
50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj
predavanje
15.10.2008-18.10.2008
Zagreb, Hrvatska