Nalazite se na CroRIS probnoj okolini. Ovdje evidentirani podaci neće biti pohranjeni u Informacijskom sustavu znanosti RH. Ako je ovo greška, CroRIS produkcijskoj okolini moguće je pristupi putem poveznice www.croris.hr
izvor podataka: crosbi

Otkriće i dizajn novih lijekova pomoću računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen (CROSBI ID 543682)

Prilog sa skupa u zborniku | sažetak izlaganja sa skupa

Starčević, Antonio ; Žučko, Jurica ; Diminić, Janko ; Long, Paul F. ; Cullum, John ; Hranueli, Daslav Otkriće i dizajn novih lijekova pomoću računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen // 50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj : Zbornik sažetaka / Zahradka, Ksenija ; Plohl, Miroslav ; Ambriović-Ristov, Andreja (ur.). Zagreb: Institut Ruđer Bošković, 2008. str. 13-13

Podaci o odgovornosti

Starčević, Antonio ; Žučko, Jurica ; Diminić, Janko ; Long, Paul F. ; Cullum, John ; Hranueli, Daslav

hrvatski

Otkriće i dizajn novih lijekova pomoću računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen

Poliketidi su važna skupina prirodnih spojeva koji se upotrebljavaju u farmaceutskoj industriji. U javnim bazama podataka danas postoji veliki broj sekvenciranih poliketidnih (PKS) genskih nakupina nepoznatih produkata i njihov broj raste eksponencijalno sa svakim novo sekvenciranim genomom aktinomiceta. Mi smo razvili programski paket ClustScan za analizu sekvencija DNA i anotaciju modularnih PKS genskih nakupina. Budući da se predviđanja temelje na prepoznavanju bitnih aminokiselina, a ne na sličnosti sekvencija, program uspješno predviđa potpuno nove genske nakupine. ClustScan ispisuje predviđene kemijske strukture u obliku izomeričkih zapisa SMILES (engl. "Simplified Molecular Input Line Entry System") i dopušta daljnje analize kemijskim računalnim programima. Razvili smo i programski paket CompGen koji generira potencijalne rekombinante između PKS genskih nakupina. Pohranjene su u posebnoj bazi podataka koja povezuje sekvencije DNA s biosintetskim redoslijedom i tako omogućava predviđanje kemijskih struktura novih spojeva. CompGen pokazuje da je malen broj mjesta za homolognu rekombinaciju između PKS genskih nakupina i zbog toga generira odabranu skupinu kemijskih spojeva koja imitira one u prirodi. ClustScan i CompGen omogućuju potragu za genskim nakupina što sadržavaju genetičku uputu za nove kemijske spojeve u genomima i metagenomima koji bi mogli postati lijekovima budućnosti. Funkcionalnost će programa biti ilustrirana prikladnim primjerima.

poliketidi; aktinobakterije; genske nakupine; genomi; metagenomi

nije evidentirano

engleski

ClustScan and CompGen for in silico drug design and discovery

nije evidentirano

polyketides; Actinobacteria; gene-clusters; genomes; metagenomes

nije evidentirano

Podaci o prilogu

13-13.

2008.

objavljeno

Podaci o matičnoj publikaciji

50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj : Zbornik sažetaka

Zahradka, Ksenija ; Plohl, Miroslav ; Ambriović-Ristov, Andreja

Zagreb: Institut Ruđer Bošković

978-953-6690-78-7

Podaci o skupu

50 godina molekularne biologije u Hrvatskoj

predavanje

15.10.2008-18.10.2008

Zagreb, Hrvatska

Povezanost rada

Računarstvo, Biotehnologija, Biologija