Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija (CROSBI ID 351652)
Ocjenski rad | doktorska disertacija
Podaci o odgovornosti
Šikić, Mile
Jeren, Branko
Vlahoviček, Kristian
hrvatski
Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija
Predmet je disertacije predviđanje mjesta proteinske interakcije na osnovi informacija iz slijeda i strukture proteina koji sudjeluju u interakciji. U radu se mjesto interakcije definira kao pomični prozor od 9 ostataka, u kome je barem središnji ostatak mjesto dodira. Ostatak se definira da je u dodiru ako se njegov najbliži atom nalazi na manje od 6 Å od najbližeg atoma ostatka koji pripada susjednom lancu. Na osnovi postojećeg skupa za učenje klasifikacija i provjera rezultata provedena je koristeći metodu slučajnih šuma i OR metode. OR metode, razvijene u ovom radu se temelje na kombiniranju klasifikatora i poboljšanju F-mjere pri radu s neuravnoteženim podacima. Za predviđanje mjesta interakcije iz prostorne strukture proteina uz slijed upotrijebljena su i ova svojstva: nepolarna ASA, maksimalna ukopanost, srednja ukopanost, minimalna izbočenost i hidrofobnost. Rezultati dobiveni u ovome radu za predviđanje na osnovi samo slijeda su bolji od dosadašnjih, a rezultati na osnovi podataka iz slijeda i prostorne strukture u rangu su rezultata najboljih metoda u ovom području. Kroz analizu na 9 UCI skupova podataka primjena OR metode pokazala je poboljšanje rezultata. Na kraju rada, primjenom metode predviđanja na osnovi slijeda i prostorne strukture, predviđena su mjesta interakcije na Ras i C-Raf proteinima te je metodama prianjanja i molekularne dinamike dobivena struktura Ras-Raf kompleksa.
proteinska međudjelovanja; slijed; prostorna struktura; metoda slučajnih šuma; klasifikacija; prianjanje
nije evidentirano
engleski
Computational method for prediction of protein-protein interaction sites
nije evidentirano
protein – protein interactions; sequence; residues; 3D protein structure; Radnom Forest; Classification; protein docking
nije evidentirano
Podaci o izdanju
123
29.09.2008.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb