hrvatski

Topološke i dinamičke značajke signalnog puta aktivacije T-stanice

Ispitane su topološke značajke signalnog puta za aktivaciju T-stanice na osnovu matrice povezanosti mreže. Primijenjeni su numerički postupci određivanja razvoja singularnih vrijednosti (SVD) nul-prostora reakcija i komponenata (proteina), te izračunavanjem ekstremnih puteva za predviđanje fenotipova signalne mreže. Analizirani model uključuje vezanje antigena na receptor T-stanice koji dovodi do kaskade molekularnih interakcija koje za posljedicu imaju aktivaciju stanice. U radu je korišten računalni sustav za modeliranje molekularnih procesa u stanici CellDesigner i SBToolbox za numeričko računanje. Model opisuje rane događaje u aktivaciji T-stanice a uključuje također i Erk-MAPK signalni modul. Simulacijom modela se prati promjena stanja proteina i proteinskih skupina tijekom vremena aktivacije. Parametri TCR modela imaju značajan utjecaj na izlazni signal ( broj aktivnih Erk* proteina u stacionarnom stanju) koji je odgovoran za poticanje transkripcije. Uzimajući u obzir netočnost kinetičkih podataka prvo je upotrijebljena analiza lokale osjetljivost koja se zasniva na Taylorovom razvoju. Osim toga primijenjena je i analiza globalne parametarske osjetljivosti temeljena na slučajnom uzorkovanju parametara u širokom intervalu vrijednosti i pridruživanjem parametra i frekvencije. Rezultati su razlučeni primjenom Fourierove analize (FAST Fourier Amplitude Sensitivity Test). Cilj analize je odrediti ključne parametre modela.

T-stanica; prijenos signala; topologija mreže; analiza osjetljivosti

nije evidentirano