hrvatski

Izolacija i karakterizacija novih repetitivnih sekvenci iz mekušca Donax trunculus

U genomu školjkaša Donax trunculus može se naći velik broj satelitnih sekvenci niske zastupljenosti (do 2%) (Cytogenet. Genome Res. 2009 ; 124:63, i pripadajuće reference). Kako bi se dopunilo naše znanje o ponavljajućim sekvencama DNA u ovom mekušcu, konstruirane su djelomične genomske biblioteke. Nakon hibridizacije s obilježenom kompletnom genomskom DNA, napravljen je odabir kolonija. Preliminarnim analizama izdvojeno je šest kloniranih fragmenata, u rasponu od 306 do 1456 pb. Četiri od njih sadrže uzastopna ponavljanja koja pripadaju porodici satelitne DNA BIV160 - velikoj grupi sekvenci široko rasprostranjenoj kod školjkaša, koja je u vezi s MITE-u sličnim mobilnim elementom Pearl opisanim kod kamenica. Te četiri sekvence predstavljaju poveznicu između ranije sekvenciranih predstavnika porodice BIV160 i jedne od prethodno opisanih satelitnih DNA iz vrste D. trunculus. Sljedeći klonirani fragment sadrži dva raspršeno ponovljena monomera od 128 i 130 pb. BLAST pretraga genske banke s ovim monomerima nije dala nikakve značajne rezultate. Zadnji analizirani fragment sadrži četiri uzastopna ponavljanja veličine 145 pb (koja pripadaju ranije opisanoj satelitnoj porodici DTHS3 iz vrste D. trunculus) te spojno područje u kojem se nastavljaju na neku nepoznatu sekvencu. Zanimljivo jest to da su sve ponavljajuće sekvence do sada dobivene ovim pristupom AT-bogate iako kromosomi vrste D. trunculus obiluju GC-bogatim heterokromatinom, a time i GC- bogatim ponavljajućim sekvencama.

satelitna DNA; genomska biblioteka; školjkaši

nije evidentirano