hrvatski

ODREĐIVANJE KONFORMACIJE I EPITOPA VEZANJE DERIVATA MAKROLIDA U INTERAKCIJI SA 70S RIBOSOMOM E. COLI POMOĆU SPEKTROSKOPIJE NMR

NMR metoda prijenosa magnetizacije (STD NMR) prilagođena je za istraživanje interakcija makrolida i ribosoma. Dobiveni STD NMR podaci za azitromicin uspoređeni su s kristalnom strukturom kompleksa azitromicia i ribosoma. Na temelju tih rezeltata proveden je kompeticijski STD NMR eksperiment koji je po prvi puta pokazao da se ovom metodom može istraživati specifično vezanje makrolida u aktivno mjesto ribosoma. Slijedeći ove rezultate različite NMR tehnike (1H, trNOESY i STD NMR) upotrijebljene su za istraživanje vezanja nekoliko 6-O-metil-homoeritromicina na 70S ribosom E. coli. 1H NMR spektri navedenih molekula nakon dodatka 70S ribosoma E. coli nisu pokazali očekivano širenje linija vjerojatno zbog niske konstante ravnoteže disocijacije kompleksa makrolida i ribosoma. Nakon provedene konformacijske analize molekula u slobodnom stanju (pomoću ROESY NMR spektara) i usporedbe s trNOESY spektrima (konformacija molekule vezane na ribosom), zaključeno je da su konformacije u veznom i slobodnom stanju gotovo identične, time pokazujući da makrolidi prirodno poprimaju 3D oblik koji im omogućuje ulazak u aktivno mjesto ribosoma. Nastavak istraživanja uključivao je mapiranje epitopa vezanja 6-O-metil-homoeritromicina pomoću STD NMR tehnike. Određena su tri glavna područja koja su najbliža površini ribosoma: desosamin, kladinoza i metilna skupina na položaju 15 makrolaktonskog prstena. Nadalje, utvrđena je korelacija između STD pojačanja i biokemijskih podataka (in vitro inhibicija sinteze proteina). Uloga i važnost određenih epitopa vezanja pokazana je primjenom STD NMR metode na setu novoodabranih derivata azitromicina. Ovo istraživanje po prvi je puta pružilo dokaze da hidrofobne interakcije kladinoze i metilne skupine u položaju 15 makrolaktonskog prstena igraju esencijalnu ulogu u vezanju makrolida na ribosom.

interakcija; konformacija; makrolidi; mapiranje epitopa vezanja; ribosom; spektroskopija NMR; STD

nije evidentirano