ZASTUPLJENOST PALINDROMA U KODIRAJUĆOJ DNA KVASCA Saccharomyces cerevisiae (CROSBI ID 368123)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Gaćeša, Ranko
Svetec, Ivan-Krešimir
Lisnić, Berislav
hrvatski
ZASTUPLJENOST PALINDROMA U KODIRAJUĆOJ DNA KVASCA Saccharomyces cerevisiae
Dosadašnja istraživanja ukazuju na zaključak da su palindromske sekvencije u molekuli DNA nužne za funkcioniranje genoma jer se često nalaze u cis-djelujućim regijama, ali istovremeno predstavljaju ozbiljnu opasnost za genetičku stabilnost, pri čemu genetička nestabilnost palindroma raste s njihovom duljinom. Ovakva dvojaka biološka uloga palindroma u molekuli DNA potaknula je bioinformatička istraživanja sekvencioniranih genoma s ciljem da se ustanovi broj, duljina i raspored svih palindroma. Međutim, do sada još nije nedvojbeno ustanovljeno da li broj palindroma u nekom genomu odstupa od očekivane vrijednosti, te što bi mogao biti uzrok tom odstupanju. U ovakvim istraživanjima osnovnu prepreku predstavlja upravo određivanje očekivanoga broja palindroma jer na redoslijed nukleotida pa tako i na mogućnost pojave palindroma utječu AT/GC-sastav i „pristrana uporabu kodona“ (eng. codone usage bias) kao i činjenica da genom mora kodirati za odgovarajući proteom. U ovom radu razvijen je računalni program za određivanje očekivanog broja palindroma u kodirajućoj DNA. Ovaj program osniva se na uspoređivanju broja palindroma u zadanoj sekvenciji i u računalno generiranim sekvancijama koje se od zadane sekvencije razlikuju samo po položaju sinonimnih kodona. Rezultati ovog rada jasno ukazuju na zaključak da kodirajuća DNA kvasca S.cerevisiae sadrži manje palindroma nego što bi se to statistički očekivalo te da je zastupljenost palindroma u kodirajućoj DNA u negativnoj korelaciji s razinom ekspresije gena.
kvasac Saccharomyces cerevisiae; palindrom; DNA; genom; sinonimni kodoni; ekspresija gena
nije evidentirano
engleski
DISTRIBUTION OF PALINDROMIC SEQUENCES IN CODING DNA OF YEAST Saccharomyces cerevisiae
nije evidentirano
synonymous codons; palindrome; yeast Saccharomyces cerevisiae; gene expression
nije evidentirano
Podaci o izdanju
37
04.11.2011.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zagreb