Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka (CROSBI ID 368892)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Popović, Irena
Šikić, Mile
hrvatski
Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka
U okviru ovog rada opisana je metoda predviđanja površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka. Za predviđanje se koristila regresijska analiza metodom slučajnih šuma. Kao ulazni podaci koriste se pomični prozori duljine od 9 do 21 aminokiselinskih ostataka, te profili slijeda za svaki od ostataka unutar prozora. Tako imamo ulazni vektor dimenzija 21 x n, gdje je n broj ostataka unutar prozora. Predviđa se relativna površina dostupna otapalu, a predviđanje se vrši za središnji ostatak prozora. Rezultati se evaluiraju koristeći 10-struku krosvalidaciju, gdje se svaki od korištenih skupova podijeli na 10 podjednakih slučajno odabranih podskupova, jedan se koristi za testiranje a preostalih devet se spoji i služi za treniranje šume. Postupak se ponavlja sve dok svaki podskup ne bude tretiran kao testni. Najbolji rezultati predviđanja postignuti su za skup Manesh gdje je za prozor duljine 9 dobiven koeficijent korelacije 0.63697. Dok su najlošiji dobiveni za skup Cuff-Barton gdje je za prozor duljine 11 dobiven koeficijent korelacije 0.59918. Također je pokazano da su rezultati bolji za prozore manje duljine nego veće i to u našem slučaju za one duljine 9 do 13.
površina dostupna otapalu; protein; metoda slučajnih šuma; prediction
nije evidentirano
engleski
Prediction of solvent accessible surface area from protein sequence
nije evidentirano
Accessible surface area; protein; random forest; predviđanje
nije evidentirano
Podaci o izdanju
43
22.04.2011.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb