Nalazite se na CroRIS probnoj okolini. Ovdje evidentirani podaci neće biti pohranjeni u Informacijskom sustavu znanosti RH. Ako je ovo greška, CroRIS produkcijskoj okolini moguće je pristupi putem poveznice www.croris.hr
izvor podataka: crosbi !

Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka (CROSBI ID 368892)

Ocjenski rad | diplomski rad

Popović, Irena Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka / Šikić, Mile (mentor); Zagreb, Fakultet elektrotehnike i računarstva, . 2011

Podaci o odgovornosti

Popović, Irena

Šikić, Mile

hrvatski

Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka

U okviru ovog rada opisana je metoda predviđanja površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka. Za predviđanje se koristila regresijska analiza metodom slučajnih šuma. Kao ulazni podaci koriste se pomični prozori duljine od 9 do 21 aminokiselinskih ostataka, te profili slijeda za svaki od ostataka unutar prozora. Tako imamo ulazni vektor dimenzija 21 x n, gdje je n broj ostataka unutar prozora. Predviđa se relativna površina dostupna otapalu, a predviđanje se vrši za središnji ostatak prozora. Rezultati se evaluiraju koristeći 10-struku krosvalidaciju, gdje se svaki od korištenih skupova podijeli na 10 podjednakih slučajno odabranih podskupova, jedan se koristi za testiranje a preostalih devet se spoji i služi za treniranje šume. Postupak se ponavlja sve dok svaki podskup ne bude tretiran kao testni. Najbolji rezultati predviđanja postignuti su za skup Manesh gdje je za prozor duljine 9 dobiven koeficijent korelacije 0.63697. Dok su najlošiji dobiveni za skup Cuff-Barton gdje je za prozor duljine 11 dobiven koeficijent korelacije 0.59918. Također je pokazano da su rezultati bolji za prozore manje duljine nego veće i to u našem slučaju za one duljine 9 do 13.

površina dostupna otapalu; protein; metoda slučajnih šuma; prediction

nije evidentirano

engleski

Prediction of solvent accessible surface area from protein sequence

nije evidentirano

Accessible surface area; protein; random forest; predviđanje

nije evidentirano

Podaci o izdanju

43

22.04.2011.

obranjeno

Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj

Fakultet elektrotehnike i računarstva

Zagreb

Povezanost rada

Računarstvo, Biologija