Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine (CROSBI ID 372984)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Slijepčević, Ivan
Šikić, Mile
Mihalek, Ivana
hrvatski
Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine
OrthoBalancer mrežna aplikacija za ulaz uzima skup od n bona fide paralognih — sličnih, ali kodiranih različitim genom — proteinskih sekvenci iz iste vrste. Za svaki paralog, aplikacija vraća skup najsličnijih proteina iz drugih vrsta prisutnih u ishodišnoj bazi podataka. U jezgri aplikacije je modul koji koristi taksonomsko stablo živog svijeta kako bi pronašao zajednički podskup n skupova vrsta, ali ipak dozvoljavajući razinu neizrazitosti ili „zamjenjivosti” srodnih vrsta. Stupanj zamjenjivosti, odnosno razina u taksonomskom stablu ispod koje bilo koja vrsta može poslužiti kao reprezentant pripadajućeg podstabla, se može podesiti od strane korisnika.
homologija ; taksonomsko stablo živog svijeta ; FASTA ; neredundantna baza ; mrežna aplikacija ; Python ; jQuery ; AJAX
nije evidentirano
engleski
Orhobalancer: web application for creation of taxonomically balanced sets of orthologous protein sequences
nije evidentirano
homology ; taxonomy tree ; FASTA ; nonredundant database ; web application ; Python ; jQuery ; AJAX
nije evidentirano
Podaci o izdanju
37
29.06.2012.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb