hrvatski

SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora

Problem poravnanja sljedova jedan je od najstarijih problema u bionformatici. Iako je prošlo nekoliko desetljeća, problem poravnanja je još uvijek aktualan. Trenutna rješenja su kompromisi između potrošnje vremena, memorije i točnosti. Smith-Watermanov i Needleman-Wunschov algoritam najpoznatiji su deterministički algoritmi poravnanja sljedova. Unatoč svojoj točnosti, rijetko se koriste samostalno zbog svoje velike memorijske i vremenske potrošnje. Ipak, često se koriste kao komponente različitih heurističkih alata. U radu je predstavljena biblioteka SW#. Biblioteka nudi CUDA implentacije memorijski učinkovitih inačica determinističkih algoritama poravnanja, čija ubrzanja sežu i do nekoliko stotina puta u odnosu na CPU inačice, kao i sučelje za korištenje s drugim aplikacijama.

SW#; Smith-Waterman; CUDA; paralelizacija; bioinformatika; poravnanje sljedova

nije evidentirano