Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova (CROSBI ID 378758)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Vaser, Robert
Šikić, Mile
hrvatski
Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova
Aplikacija SIFT najkorišteniji je alat za predviđanje utjecaja aminokiselinskih supstitucija na funkcije proteina. Njen glavni problem je PSI- BLAST korak koji troši veliku količinu vremena kako bi pronašao slične sekvence ispitnog proteina. U ovom radu razrađena je evaluacija najpoznatijih aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova: BLAT, GPU-BLAST te SW#. Kriterij odabira aplikacije, koja će zamijenit PSI-BLAST, temelji se na brzini izvođenja te na vrijednostima parametara binarne klasifikacije, tj. mjere točnosti, preciznosti, osjetljivosti, specifičnosti i pokrivenosti alata. Najbolje karakteristike pokazala je aplikacija SW# s ubrzanjem do 2.6 puta (u odnosu na BLAST) na strojevima s više grafičkih kartica te boljim vrijednostima točnosti, preciznosti i ostalih parametara. Razmatrana je dodatna optimiziacija SW#-a, tj. uvođenje heurističnog koraka koji će smanjiti prostor pretraživanja. Pomoću podnizova duljine 5 dobiveno je dodatno ubrzanje do 2 puta te poboljšanje parametara binarne klasifikacije.
SIFT; aminokiselinske supstitucije; poravnanje sljedova; BLAST; SW#; bioinformatika
nije evidentirano
engleski
The evaluation of protein database searching tools
nije evidentirano
SIFT; amino acid substitutions; sequence alignments; BLAST; SW#; bioinformatics
nije evidentirano
Podaci o izdanju
32
01.07.2013.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb