Nalazite se na CroRIS probnoj okolini. Ovdje evidentirani podaci neće biti pohranjeni u Informacijskom sustavu znanosti RH. Ako je ovo greška, CroRIS produkcijskoj okolini moguće je pristupi putem poveznice www.croris.hr
izvor podataka: crosbi !

Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa (CROSBI ID 378760)

Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad

Šterbić, Luka Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa / Šikić, Mile (mentor); Zagreb, Fakultet elektrotehnike i računarstva, . 2013

Podaci o odgovornosti

Šterbić, Luka

Šikić, Mile

hrvatski

Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa

Optičko mapiranje je metoda mapiranja restrikcijskih lokacija pojedinačne molekule DNA koju su predložili Schwartz et al. 1995. godine. Takve mape mogu otkriti insercije, delecije, inverzije i ponavljanje genetskog materijala te služe za uspostavu korelacije između genotipa i fenotipa u kliničkoj medicini. U ovom je radu predstavljen algoritam za de novo shotgun sastavljanje optičkih mapa na razini cjelokupnoga genoma kojeg su predložili Valuev et al. 2006. godine. Problem sastavljanja mape reprezentiran je kao usmjereni težinski graf čiji su čvorovi pojedine optičke mape, a bridovi predstavljaju preklapanja dviju mapa. Takav graf, kad je tek konstruiran, sadrži pogreške u smislu lažnih čvorova (kimerne mape) i lažnih bridova (lažna preklapanja). Bez brisanja lažnih elemenata konstrukcija, suglasna mapa ne bi bila moguća. Korekcija grafa odvija se kroz dvije faze i rezultira raspadom grafa na izolirane komponente, tzv. otoke. Prva faza koristi pretraživanje u dubinu kako bi se ustanovila višestruka asocijacija pojedinih genomskih regija, a druga koristi pretraživanje u širinu za identifikaciju kimernih čvorova.

restrikcijsko mapiranje; optičko mapiranje; sastavljanje mapa; teorija grafova; algoritmi pretraživanja

nije evidentirano

engleski

Optical map assembly: graph correction module

nije evidentirano

restriction mapping; optical mapping; map assembly; graph theory; search algorithms

nije evidentirano

Podaci o izdanju

42

01.07.2013.

obranjeno

Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj

Fakultet elektrotehnike i računarstva

Zagreb

Povezanost rada

Računarstvo