Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa (CROSBI ID 378760)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Šterbić, Luka
Šikić, Mile
hrvatski
Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa
Optičko mapiranje je metoda mapiranja restrikcijskih lokacija pojedinačne molekule DNA koju su predložili Schwartz et al. 1995. godine. Takve mape mogu otkriti insercije, delecije, inverzije i ponavljanje genetskog materijala te služe za uspostavu korelacije između genotipa i fenotipa u kliničkoj medicini. U ovom je radu predstavljen algoritam za de novo shotgun sastavljanje optičkih mapa na razini cjelokupnoga genoma kojeg su predložili Valuev et al. 2006. godine. Problem sastavljanja mape reprezentiran je kao usmjereni težinski graf čiji su čvorovi pojedine optičke mape, a bridovi predstavljaju preklapanja dviju mapa. Takav graf, kad je tek konstruiran, sadrži pogreške u smislu lažnih čvorova (kimerne mape) i lažnih bridova (lažna preklapanja). Bez brisanja lažnih elemenata konstrukcija, suglasna mapa ne bi bila moguća. Korekcija grafa odvija se kroz dvije faze i rezultira raspadom grafa na izolirane komponente, tzv. otoke. Prva faza koristi pretraživanje u dubinu kako bi se ustanovila višestruka asocijacija pojedinih genomskih regija, a druga koristi pretraživanje u širinu za identifikaciju kimernih čvorova.
restrikcijsko mapiranje; optičko mapiranje; sastavljanje mapa; teorija grafova; algoritmi pretraživanja
nije evidentirano
engleski
Optical map assembly: graph correction module
nije evidentirano
restriction mapping; optical mapping; map assembly; graph theory; search algorithms
nije evidentirano
Podaci o izdanju
42
01.07.2013.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb