hrvatski

Analiza kodirajućih regija u genomu

DNA molekula sastoji se od dva međusobno povezana spiralna lanca građena od četiri nukleotida: adenina (A), timina (T), citozina (C) i guvanina (G). Molekula je građena tako da se adenin i timin, citozin i guanin međusobno vežu. Nukleotidi čine baze lanaca koji su međusobno povezani kovalentnim vezama. DNA molekula ne upravlja sama sintezom proteina. Sintezom proteina upravlja RNA koja je intermedijalna molekula. Kada je stanici potreban određeni protein, nukleotidna sekvenca, određenog dijela jako duge DAN, smještene u kromosomu, kopira se u RNA. Te kopije DNA služe kao kalupi za sintezu proteina. Proces sinteze nije jednostavan već se sastoji od niza koraka koji počinju s obradom DNA, odnosno rastavljanjem dva lanca DNA, prepisivanjem jednog lanca u RNA, zatim obradom RNA, koja uključuje i izrezivanje nekodirajućih dijelova i na kraju sintezu aminokiselina u protein. Genom C. Elegansa je prvi sekvencirani genom nekog višestaničnog organizma. Sadrži oko 19000 slijedova koji kodiraju proteine i zauzimaju oko 25% genoma. Svaki gen C. Elegansa sastoji se od kodirajućeg (egzona) i nekodirajućeg (introna) dijela, pri čemu svaki gen sadrži 5 introna. Izrezivanje introna vrši se uz pomoć proteina i malih RNA molekula. Kod crva postoje samo dva važna mjesta za izrezivanje: 3' i 5', dok kod nekih organizama postoji i treće: mjesto grananja u intronu. Koristeći se poznavanjem biologije i informatike, odnosno bioinformatike, uz pomoć programiranja i statističkih metoda moguće je provesti analize genoma i na temelju njih odrediti mjesta izrezivanja. Ulazne podatke pri analizi čini cijeli genom zapisan u obliku slova A, T, C i G. Ta slova predstavljaju signal koji se uređuje i 41 statistički obrađuje. Pri analizi i obradi podataka bitno je poznavanje činjenice da donorsko mjesto, odnosno 5', uvijek počinje s GT, a akceptorsko mjesto 3' s AG.

DNA; RNA; nukleotid; genom; gen; transkripcija; translacija; izrezivanje; mRNA; intron; egzon; mjesto grananja; akceptor; donor; programiranje; bioinformatika

nije evidentirano