hrvatski

Generiranje dugačkih palindroma u genu ADE2 pomoću programa Synonymous Codon Shuffler

Palindromi su sekvencije DNA u kojima se dva obrnuta ponavljanja nalaze neposredno jedan do drugog. Drugim riječima, prva polovina palindroma komplementarna je drugoj polovini te stoga palindromi u DNA mogu tvoriti sekundarne strukture ukosnice ili križne strukture. Cilj ovoga rada bio je predložiti eksperimentalni sustav u kojem bi se mogla testirati hipoteza prema kojoj pojava navedenih sekundarnih struktura u nukleinskim kiselinama može omesti ekspresiju gena. U tu svrhu najprije je zamjenom položaja sinonimnih kodona in silico generirano 4∙106 permutiranih varijanti reporter gena ADE2, koji su po duljini, GC-sastavu i najvažnije, upotrebi kodona, bili identični ishodnoj sekvenciji. Iz ove populacije odabrana je varijanta gena ADE2 sa najduljim palindromom, na temlju koje je zatim predložen niz postupaka za njenu konstrukciju in vitro kao i eksperimentalni sustav za procjenu utjecaja prisutnosti dugačkog palindroma u genu ADE2 na razinu njegove ekspresije u kvascu Saccharomyces cerevisiae.

palindrom; ukosnica; kruciform; ADE2; permutirana sekvencija

nije evidentirano