GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti (CROSBI ID 385060)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Žužić, Goran
Šikić, Mile
hrvatski
GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti
Višestruko poravnavanje sekvenci jedan je od najvažnijih problema u bioinfor- matici za koje nije razvijeno efikasno egzaktno rješenje. Cilj rada je prona ́ ci najispla- tiviji algoritam koji egzaktno i u linearnoj memoriji rješava dani problem. Istraženi ́ e biti sekvencijalne i paralelne verzije Smith- Watermanovog, Myers- Millerovog i c Huang-Millerovog algoritma te se pokazuje kako zadnji od navedenih nije pogodan za paralelizaciju. Rad je zaokružen pregledom i usporedbom svih dostupnih metoda.
bioinformatika; višestruko poravnavanje sekvenci; Smith-Waterman; Myers-Miller; Huang-Miller; linearna memorija; paralelizacija; CUDA
nije evidentirano
engleski
GPU implementation of an efficient linear-memory algorithm for local sequence alignment
nije evidentirano
bioinformatics; multiple sequence alignment; Smith-Waterman; Myers- Miller; Huang-Miller; linear memory; parallelization; CUDA
nije evidentirano
Podaci o izdanju
27
29.06.2012.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
