Nutrigenomička analiza metaboličkih putova u kvascu Saccharomyces cerevisiae iščitavanjem reverzne translacije uz pomoć de novo sekvenciranja peptida (CROSBI ID 398011)
Ocjenski rad | doktorska disertacija
Podaci o odgovornosti
Diminić, Janko
Starčević, Antonio ; Cindrić, Mario
hrvatski
Nutrigenomička analiza metaboličkih putova u kvascu Saccharomyces cerevisiae iščitavanjem reverzne translacije uz pomoć de novo sekvenciranja peptida
U ovome radu je razvijen novi ekspertni računalni sustav za analizu spektara masa putem kojeg je moguće tehnikom reverznog iščitavanja translacije, odnosno identifikacije proteina u uvjetima de novo, utvrditi promjene na razini proteoma i posredno metaboloma u modelnom organizmu kvascu S. cerevisiae, čiji je genom u potpunosti sekvenciran. Ekspertni sustav razvijen je u Java programskom jeziku te se sastoji od dva djela, jedan koji izvršava analize na strani poslužitelja i drugi koji ima upravljačku funkciju, a nalazi se na strani korisnika. De novo sekvenciranjem peptida možemo identificirati nadeksprimirane peptide (putem spektrometra masa MALDI-TOF/TOF), odnosno proteine. Na temelju identificiranih proteina napravljena je nutrigenomička analiza iščitavanjem reverzne translacije, odnosno određeno je uključivanje i isključivanje pojedinih metaboličkih putova s poveznicom na promjene nastale u proteomu, kod uzgoja kvasca u aerobnim i anaerobnim uvjetima te pri uskraćivanju i obogaćivanju prihrane kvasca. Utvrđeno je da se nadeksprimirani proteini stanice kvasca razlikuju ovisno o načinu uzgoja, čime se može zaključiti da se ekspresija gena te sinteza proteina, a time i aktivnost metaboličkih putova znatno mijenja pod stresnim promjenama prihrane stanica kvasca.
bioinformatika ; kvasac ; java ; programiranje ; masena spektrometrija ; nutrigenomika ; proteomika
nije evidentirano
engleski
Nutrigenomics analysis of metabolic pathways in Saccharomyces cerevisiae followed by reading of reverse translation via de novo peptide sequencing
nije evidentirano
bioinformatics ; yeast ; java ; programming ; mass spectrometry ; nutrigenomics and proteomics
nije evidentirano
Podaci o izdanju
89
11.07.2014.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zagreb
Povezanost rada
Biotehnologija, Informacijske i komunikacijske znanosti, Prehrambena tehnologija