engleski

OPTIMIZATION AND COMPARISON OF ALGORITHMS FOR THE ALIGNING OF SHORT PROTEIN SEQUENCES

Razvojem novih metoda sekvencioniranja DNA i proteina, došlo je do naglog porasta broja podataka pohranjenih u javno dostupnim bazama. Glavninu tih podataka čine upravo nukleotidne i aminokiselinske sekvencije. Ključ pretraživanja rastućih baza podataka je u razvoju programa koji mogu brzo pretražiti i usporediti sekvencu upita sa sekvencama iz baze podataka. Najpopularniji takav program je BLAST, kojem se može pristupiti mrežno ili ga se može koristiti lokalno. BLAST kao takav nije dizajniran da pretražuje kratke peptidne sekvence (manje od 20 aminokiselina) ali ga se može koristiti u tu svrhu. Cilj ovog diplomskog rada jest usporedba rezultata pretraživanja kratkih aminokiselinskih sekvencija uz pomoć dva raspoloživa programska alata, riječ je o gore spomenutom BLAST-u i njegovoj alternativi nazvanoj RAPSearch2. U radu se uspoređivala brzina pretraživanja i preciznost pojedinog programa kako bi se ustvrdilo koji je program prikladniji u svrhu pretrage kratkih peptidnih sekvenci iz velikih baza podataka.

BLAST; RAPSearch2; short peptide sequences; number of hits; the speed of the search

nije evidentirano