Poravnanje dugačkih RNA očitanja (CROSBI ID 405454)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Jurić, Antonio
Šikić, Mile
Križanović, Krešimir
hrvatski
Poravnanje dugačkih RNA očitanja
Poravnanje dugačkih RNA očitanja jest problem pronalska s kojeg dijela reference je nastalo dobiveno RNA očitanje. Problem se razlikuje od poravnanja DNA nizova u kojem želimo sastaviti cjelokupni genom zbog posebnih stvojstava RNA koja bitno kompliciraju cijeli proces. U ovom radu opisana je problematika poravnanja nizova RNA. Alat za poravnanje nizova GraphMap problem poravnanja nizova RNA rješava u pet faza: posljednju fazu obrađuje ovaj rad. U toj fazi pokušavamo pronaći najbolje grupe (manje dijelove očitanja) za poravnanje pojedinog očitanja. Algoritam koji je razvijen za problem odabira najboljih grupa sadrži dva algoritma koji se pokreću ovisno u ukupnom broju grupa: knapsack složenosti O(N^2) te 2D logaritamsku strukturu složenosti O(N*log^2(N)) gdje je N broj grupa.
poravnanje RNA očitanja; logaritamska struktura; problem ruksaka; GraphMap
nije evidentirano
engleski
Long RNA-Seq Alignment
nije evidentirano
RNA-seq alignement; knapsack; logarithmic structure; GraphMap
nije evidentirano
Podaci o izdanju
39
05.07.2016.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb