Alat za poravnanje dugackih očitanja (CROSBI ID 407814)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Ratković, Marko
Šikić, Mile
hrvatski
Alat za poravnanje dugackih očitanja
Poravnavanje bioloških sljedova predstavlja jedan od najstarijih i najviše istraživanih problema u bioinformatici. Cilj je identificirati slične regije koje mogu predstavljati funkcionalnu, strukturalnu ili evolucijsku vezu izmedu dvaju organizama. Neprekidnim razvojem tehnologije napreduju i uređaji za sekvenciranje te su moguća sve duža ocitanja. Javlja se potreba za razvojem alata koji ce moći poravnati takva dugačka očitanja koja potencijalno mogu imati i visok postotak greške. U ovom radu je predloženo jednostavno rješenje koje problem svodi na problem izdvajanja iz ulaznog slijeda kandidatnih regija korištenjem vrijednosti LCSk++ dvaju podnizova. U radu je dat algoritam, implementacijski detalji razvijenog alate te usporedba s postojecim alatima.
bioinformatika; poravnanje; dugačka očitanja; LCSk++; sufiksno polje
nije evidentirano
engleski
Long read aligner
nije evidentirano
bioinformatics; sequence aligment; long error-prone reads; LCSk++; suffix array
nije evidentirano
Podaci o izdanju
42
02.06.2015.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb