Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja (CROSBI ID 407818)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Osrečki, Matija
Šikić, Mile
hrvatski
Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja
U vrijeme brzog razvoja tehnologija sekvenciranja DNA, sve je veća potreba za sastavljanjem istih. Ovaj rad se bavi implementacijom modernih metoda za otkrivanje preklapanja DNA očitanja kao dio OLC (engl. overlap–layout–consensus) pristupa problemu. Primjenom FM-indeksa baziranog na valićnim stablima i uporabom sufiksnog filtra za traženje kandidata preklapanja, napravljena je uspješna C++ implementacija. Iako originalno namjenjen za testiranje na PacBio očitanjima, rezultati su pokazali da je metoda prikladnija s manjom pogreškom.
De novo sastavljanje genoma; FM-indeks; sufiks filtar
nije evidentirano
engleski
Finding overlapping DNA reads
nije evidentirano
De novo assembly; FM-index; suffix filter
nije evidentirano
Podaci o izdanju
28
01.02.2014.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb