Alat za poravnanje genoma (CROSBI ID 407821)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Žuljević, Petar
Šikić, Mile
hrvatski
Alat za poravnanje genoma
Poravnanje genoma je jedan od većih problema u bioinformatici koji još uvijek nije efikasno riješen. Iako su poznati egzaktni algoritmi kojima bi se moglo doći do optimalnog rješenja, oni se ipak ne koriste jer bi njihovo izvođenje zahtijevalo previše vremena. U radu je opisan alat za poravnanje genoma ostvaren kao višedretveni program u programskom jeziku C++. Alat se bazira na pronalasku identičnih podnizova zadanih genoma pomoću sufiksnog polja, a nakon toga na primjeni algoritma Smith-Waterman na područja u kojima nisu pronađeni MUMovi. Konačan rezultat je grafički prikaz koji prikazuje identične, translatirane i reverzno komplementirane regije u zadanim genomima
Poravnanje; genom; sufiksno polje; paralelizacija; heuristika; bioinformatika
nije evidentirano
engleski
Genome alignment tool
nije evidentirano
Alignment; genome; suffix array; parallelization; heuristics; bioinformatics
nije evidentirano
Podaci o izdanju
31
01.06.2014.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb