Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma (CROSBI ID 411197)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Floreani, Filip
Šikić, Mile
hrvatski
Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma
Proces sastavljanja genoma temeljen je na analizi preklapanja kratkih očitanja genetskog materijala. Zbog očitanja loše kvalitete, kao i zbog prisutnosti kimernih i ponavljajućih očitanja, osim ispravnih preklapanja pojavljuju se i lažna preklapanja. Detekcija lažnih preklapanja ključna je u postizanju boljeg konačnog rezultata. Jedna od metoda detekcije je generiranje 1D-signala temeljenog na izračunu broja preklapanja svake nukleinske baze pojedinog očitanja, koji se potom prikazuje u obliku grafa. Kroz ovaj rad predstavljeno je aplikacijsko rješenje za Android uređaje, kojim je moguće označiti regije u kojima se pojavljuju lažna preklapanja, kao i sortirati grafove po predefiniranim kategorijama. U radu je data teorijska osnova rješenja, kao i detalji njegove implementacije i konačnog ispitivanja.
Lažna preklapanja, kimerna očitanja, ponavljajuća očitanja, sastavljanje genoma, Android, bioinformatika
nije evidentirano
engleski
Manual detection of false overlaps occurring during genome assembly
nije evidentirano
False overlaps, chimeric reads, repeating reads, genome assembly, Android, bioinformatics
nije evidentirano
Podaci o izdanju
31
04.07.2017.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb