Proračun energije solvatacije u simulacijama molekularne dinamike (CROSBI ID 654952)
Prilog sa skupa u zborniku | sažetak izlaganja sa skupa
Podaci o odgovornosti
Baljkas, Marija ; Primorac, Tomislav ; Požar, Martina ; Sokolić, Franjo ; Zoranić, Larisa
hrvatski
Proračun energije solvatacije u simulacijama molekularne dinamike
Sve brži napredak tehnologije je doprinio da se računalne simulacije prometnu u bitan aspekt znanstvenog rada, usporedo teorijskim i eksperimentalnim metodama. Simulacije molekularne dinamike daju uvid u mikroskopsko ponašanje sustava koje u eksperimentu opažamo preko mjerivih makroskopskih veličina. U ovom radu metodom termodinamičke integracije računala se energija solvatacije alkana [1], s ciljem razumijevanja otapanja nepolarnih molekula u polarnom i amfifilnom mediju. Korišten j eprogramski paket za molekularnu dinamiku Gromacs[2]. Simulirani su alkani: metan, etan, propan i butan u vodi i u metanolu. TIP4P/2005 [3] model za vodu se pokazao najboljim u reproduciranju kvalitativnog ponašanja ovisnosti slobodne energije solvatacije o veličini alkana, što je u skladu s podacima iz literature [4]. Vrlo su zanimiljivi trendovi ponašanja otapanja alkana u vodi, budući da ne pokazuju monotonost. Krivulja ovisnosti energije solvatacije o temperaturi alkana u metanolu pokazuje maksimum, što ukazuje na kompeticijske doprinose. Maksimum je najuočljiviji za metan te s produljenjem lanca alkana postaje sve manje izražen i pomaknut prema višim temperaturama. Ovi rezultati također pokazuju da se veći alkani lakše otapaju u metanolu što se može objasniti formiranjem lančastih struktura metanola unutar samog sustava. Simulacije i eksperimentalni rezultati pokazuju kvalitativno slaganje. [1] Frenkel, D. & Smit, B. Understanding Molecular Simulation. Understanding Molecular Simulation 638 (2002). doi:10.1016/B978-012267351-1/50006-7 [2] Gromacs, About Gromacs, July 2017. , http://www.gromacs.org/About_Gromacs [3] Abascal, J. L. & Vega, C. A general purpose model for the condensed phases of water: TIP4P/2005. The Journal of chemical physics 123, 234505 (2005). [4] Vega, C. & Abascal, J. L. F. Simulating water with rigid non-polarizable models: a general perspective. Physical Chemistry Chemical Physics 13, 19663 (2011)
slobodna-energija-solvatacije ; molekularna-dinamika ; modeli-vode ; metanol ; alkani
nije evidentirano
engleski
Solvation free energy calculations in molecular dynamics simulations
nije evidentirano
solvation-free-energy ; molecular-dynamics ; water-models ; methanol ; alkanes
nije evidentirano
Podaci o prilogu
91-91.
2017.
objavljeno
Podaci o matičnoj publikaciji
Deseti znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva - knjiga sažetaka.
Smolčić, Vernesa ; Ban, Ticijana ; Bilušić, Ante ; Horvatić, Vlasta ; Jelić, Vibor ; Karuza, Marin ; Kralj, Marko ; Kumerički, Krešimir ; Nesti, Fabrizio ; Stanić, Denis
Zagreb: Hrvatsko fizikalno društvo
78-953-7178-21-5
Podaci o skupu
Deseti znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva
poster
11.10.2017-13.10.2017
Baška, Hrvatska