hrvatski

Istraživanje mehanizma hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III

Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna metalopeptidaza koja otcjepljuje dipeptide s N-terminusa svojih supstrata. Obzirom na široku supstratnu specifičnost te prisutnost u citosolu pretpostavlja se da sudjeluje u završnim koracima razgradnje proteina u stanici. U viših organizama povezana je s obranom od oksidativnog stresa, te je razumijevanje njene uloge kod oportunih patogena poput B. thetaiotaomicron (Bt) od potencijalnog kliničkog značaja. Modelni sustav sačinjen je od iona cinka, His448 i His453 te Glu476 koji koordiniraju atom cinka, Glu449 koji sudjeluje u hidrolizi, molekule vode te His533 i Tyr309 koji stabiliziraju supstrat. Polazna geometrija priređena je iz prethodno provedenih dugih MD simulacija BtDPP III u kompleksu sa sintetskim supstratom Arg2-naftil-2-amidom. Kao modelni supstrat korišten je CH3CO-Gly-NHCH3. Sustav je opisan korištenjem B97D funkcionala uz 6-31G(d) osnovni skup, dok je ion cinka u aktivnom mjestu opisan ECP skupom LANL2DZ. Ova se metoda pokazala uspješnom u prijašnjim radovima na humanom ortologu. Predloženi mehanizam pokazuje znatne sličnosti s onim određenim za humani enzim, dok se razlike u energetskim barijerama kvalitativno poklapaju s eksperimentalno određenom slabijom katalitičkom aktivnosti DPP III iz B. thetaiotaomicron. Određivanje mehanizma hidrolize na modelnom sustavu služit će kao polazna točka za buduće kvantno-mehaničke/molekulsko mehaničke račune koji će u razmatranje uključiti cijeli enzim.

DPP III ; dipeptidil-peptidaza III ; hidroliza peptidne veze ; reakcijski mehanizam ; QM

nije evidentirano