hrvatski

Evolucija satelitnih DNA u vrstama oblića rodaMeloidogyne

Oblići korijenovih kvržica roda Meloidogyne su biljni paraziti od iznimne agronomske važnosti koji imaju vrlo raznolike načine reprodukcije, od klasičnog spolnog razmnožavanje do mitotske partenogeneze. Vrsta Meloidogyne incognita nedavno je odabrana kao modelni organizam te je njezin genomski projekt postao dostupan. U ovom radu, provedena je cjelokupna analiza satelitnih DNA u vrstama roda Meloidogyne koja je sadržavala analize novootkrivenih satelitnih DNA izlučenih iz baze podataka sekvenciranog genoma zajedno s ranije opisanih satelitnim sljedovima. Analize monomernih varijanti izlučenih iz contig-a koji su sadržavali ranije opisanu INC satelitnu DNA otkrile su varijabilnost jedinica ponavljanja koja je specifična za niz što ukazuje na homogenizacijske procese na razini niza. Kako bi se odredio položaj INC satelitne DNA na holocentričnim kromosomima vrste Meloidogyne incognita provedena je FISH analiza. Rezultati su pokazali lokalizaciju signala na samo dva kromosoma. Nadalje, contig-zi koji su sadržavali predvidivo nove sljedove satelitnih DNA izlučeni su programima Repeat Scout i Tandem Repeat Finder te su karakterizirani in silico analizom. Sljedovi novih satelitnih DNA (R1, R5, R7 i R8) pokazuju nisku unutarsatelitnu varijabilnost monomera, visok udio A i T nukleotida, beznačajnu međusobnu sličnost u nukleotidnim sljedovima te nizak udio u genomu (<0, 1%). Nadalje, međuvrsna rasprostranjenost novih satelitnih DNA u pet srodnih vrsta roda Meloidgyne provedena je metodom PCR-a i hibridizacijskom analizom po Southernu. Na temelju rasprostranjenosti novih satelitnih DNA (R1, R5, R7, R8) i onih opisanih ranije potvrđena je hipoteza prema kojoj rasprostranjenost satelitnih DNA može biti relevantni kriterij za određivanje evolucijskih odnosa.

evolucija ; rod Meloidogyne

nije evidentirano