hrvatski

Analiza satelitnih DNA C2 i C5 u genomu vrste Tribolium castaneum Herbst (Coleoptera)

Kukac Tribolium castaneum (crveni brašnar) jedan je od modelnih organizama viših eukariota. Pripada najvećem i vrstama najbrojnijem redu eukariota, Coleoptera. Genom vrste T. castaneum je nedavno objavljen te je prva verzija složenog sekvenciranog genoma, koji predstavlja 70% od ukupne veličine genoma, dostupna za analize. Dio genoma koji nije uspješno uklopljen, a uglavnom se sastoji od satelitnih DNA, organiziran je odvojeno u obliku baze RepTig. U ovom radu provedena je in silico i eksperimentalna analiza novih satelitnih DNA u vrsti T. castaneum. Programima Tandem Repeat Finder i WinKSA su izlučeni sljedovi predvidivo novih satelitnih DNA C2 i C5. Analize izlučenih monomernih varijanti (C2 i C5) ukazuju na nisku varijabilnost unutar satelitne porodice te na uzastopno ponovljenu organizaciju u vidu ljestvičaste strukture koja je specifična za satelitne DNA. Udio ovih satelita u genomu je manji od 1%, a kromosomska organizacija ukazuje na sljedove koji su raspršeni po genomu i to izvan pericentromerne regije. Na temelju usporedbe ovih sljedova sa sljedovima u genomskoj bazi (GenBank) bazi satelitna DNA C2 ne ukazuje na postojanje homologa, dok satelitna DNA C5 dijeli vrlo visoku homologiju s 5S rRNA genom vrsta roda Drosophila. Daljnje analize satelitnih DNA ponudit će opsežniju sliku o dinamici i evoluciji ovih sljedova u genomu, a razumijevanje organizacije i obilježja satelitnih DNA će pridonijeti kompletiranju slike o genomu vrste T. castaneum.

Tribolium castaneum; satelitna DNA; 5S rRNA gen

nije evidentirano