crta
Hrvatska znanstvena Sekcija img
bibliografija
3 gif
 Naslovna
 O projektu
 FAQ
 Kontakt
4 gif
Pregledavanje radova
Jednostavno pretraživanje
Napredno pretraživanje
Skupni podaci
Upis novih radova
Upute
Ispravci prijavljenih radova
Ostale bibliografije
Slični projekti
 Bibliografske baze podataka

Pregled bibliografske jedinice broj: 689340

Zbornik radova

Autori: Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, Šikić
Naslov: Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru
( Proteins and Nucleic Acids in Space and Time )
Izvornik: Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.). - Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti , 2013. 149-157.
Skup: Bioinformatics and biological physics
Mjesto i datum: Zagreb, Hrvatska, 21.11.2012
Ključne riječi: proteini ; nukleinske kiseline ; metalni ioni
( protein ; nuceleic acid ; metal ions )
Sažetak:
Predmet naših istraživanja je proučavanje biološki važnih sustava korištenjem teorijskih i računalnih pristupa. Koristimo bioinformatičke analize, kemometrijske metode, metode molekulskog modeliranja: molekulsku mehaniku i dinamiku, Monte Carlo metode, analizu normalnih modova, kvantno-mehaničke, te hibridne molekulsko-mehaničke/kvantno-mehaničke metode. Članak objavljen 2012. godine u Nucleic Acids Research (Vol. 40) sumira naš rad na razvoju i uspostavi mrežnog servera BioMe (Biološki relevantni Metali, http://metals.zesoi.fer.hr) koji omogućuje detaljnu analizu 25 najzastupljenijih metalnih iona u biološkim makromolekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama. Server omogućuje korisniku da na izabranom skupu proteina i/ili nukleinskih kiselina s poznatim 3D strukturama odredi niz statističkih analiza za navedene metale, npr. raspodjelu liganada u koordinacijskoj sferi metala, zastupljenost pojedinih koordinacijskih brojeva i oblika koordinacijskog poliedra za određeni metalni ion, raspodjelu udaljenosti ligand-metal, način koordinacije metala karboksilnim skupinama asparaginskog i glutaminskog aminokiselinskog ostatka. Navedene statistike dostupne su u grafičkom i tekstualnom obliku. U radu objavljenom iste godine u J Biol Inorg Chem (Vol 17) korištenjem metoda molekulskog modeliranja nastojali smo objasniti rezultate dobivene eksperimentalnim proučavanjem dioksigenaze iz Acinetobacter Jonsoii (Dke1). Pored interpretacije i pojašnjenja rezultata kinetičkih mjerenja, te spektroskopskih (CD i ICD) rezultata, značajan znanstveni doprinos ovog rada su novi parametri razvijeni za dikation željeza, te razumijevanje utjecaja molekula vode na dinamička svojstva i katalitičku efikasnost Dke1. Pored navedenog i ostali predstavljeni radovi odnose se na eksperimentalno utemeljeno modeliranje bioloških nano sustava. Tako se radovi objavljeni u časopisima Journal of Molecular Recognition (2011), Croatica Chemica Acta (2011) i Journal of Chemical Information and Modeling (2012) odnose na modeliranje na ljudskoj dipeptidil-peptidazi III (DPP III), o cinku ovisnom enzimu koji hidrolizira peptide (sastavljene od tri do osam aminokiselinskih ostataka) na način da odcjepljuje dipeptide s njihovog N-kraja. Korištenjem molekulsko dinamičkih metoda molekulskog modeliranja uočene su značajne promjene oblika enzima u otapalu i utjecaj pojedinih aminokiselinskih ostataka i liganada na te promjene, određen je način vezanja liganada u nativni enzim i njegov H568N mutant i utvrđeni su razlozi smanjene katalitičke aktivnosti mutanta. Radovi objavljeni u Organic & Biomolecular Chemistry (2011) i Chemistry: a European Journal ( 2012) bave se modeliranjem nukleinskih kiselina i njihovih kompleksa s malim molekulama. Kao predložak za modeliranje poslužili su ekperimentalni rezultati, tj. spekroskopska mjerenja, UV-Vis, fluorimetrijske titracije, te rezultati CD i ICD mjerenja. Molekulsko-dinamičkim simulacijama ispitana je stabilnost pretpostavljenih oblika vezanja – interkalativnog odnosno vezanja u mali utor polinukleotida i određeni su atomski detalji intermolekulskih interakcija. U Journal of Medicinal Chemistry (2012) korištene su kemometrijske metode kako bi se razvio model za predviđanje biološke aktivnosti novih derivata karboksanilida i kvinolina.
Vrsta sudjelovanja: Pozvano
Vrsta prezentacije u zborniku: Cjeloviti rad (više od 1500 riječi)
Vrsta recenzije: Domaća recenzija
Projekt / tema: 098-1191344-2860
Izvorni jezik: hrv
Kategorija: Ostalo
Znanstvena područja:
Fizika
Puni text rada: 689340.HAZU_rad_ST.docx (tekst priložen 25. Vel. 2014. u 11:41 sati)
Upisao u CROSBI: Sanja Tomić (Sanja.Tomic@irb.hr), 25. Vel. 2014. u 11:41 sati



Verzija za printanje   za tiskati


upomoc
foot_4